Надвратный храм Иоанна Предтечи был построен за три года и завершён в 1698 году, одновременно с возведением Святых ворот. Церковь Иоанна Предтечи отличается своим уникальным обликом и является выдающимся архитектурным памятником, гармонично сочетающимся с храмом Святого Духа. Многие исследователи предполагают, что её проектировал архитектор Яков Григорьевич Бухвостов. Церковь выглядит лёгкой и устремлённой ввысь, а её наружные стены и Святые врата богато украшены каменной резьбой. Основное внимание в оформлении уделено восьмерику, на гранях которого расположены восемь одинаковых белокаменных наличников. В трёх из них находятся окна, в восточном, ложное окно, а в остальных, крупные керамические фигуры евангелистов, уникальные изразцы, сохранившиеся до наших дней. На Руси храмы часто украшали изразцовыми изображениями, но здесь это не просто "квадратики" или "полоски". Между окнами на гранях восьмерика размещены большие, почти в человеческий рост, многоцветные панно с изображениями евангелистов, которые хорошо видны с земли. Автором этих изразцовых фигур был мастер Степан Полубес, известный своими работами в Москве и её окрестностях, а также в Иосифо-Волоцком и Ново-Иерусалимском монастырях. Эти ценные барельефы, как и серафимы для трапезной, были изготовлены в Москве и закуплены у мастера в 1691 году. Церковь Иоанна Предтечи над Святыми вратами строилась одновременно с восточной монастырской стеной и завершена в 1698 году. Этот небольшой двухъярусный храм, представляющий собой восьмерик на четверике, завершается восьмигранным барабаном с главкой. Кубическая форма Святых ворот служит как пьедесталом, так и папертью для церкви. Эти два сооружения, церковь и ворота, настолько хорошо связаны архитектурно, что воспринимаются как единое целое. Зодчий использовал ярусное построение объёмов, по-разному решив их фасады. Восточный фасад, выходящий на внешнюю сторону монастырской стены, оформлен как проездная башня крепости. Внешняя часть ворот с апсидой храма выдвинута вперёд и оформлена строго, почти без декора. Маленькие окна апсиды напоминают бойницы. Суровость фасада смягчают угловые полуколонны ворот и тройной архивольт с белокаменной гирькой над аркой. Восьмерик, отступающий на второй план, переносит внимание внутрь монастыря и приглашает посетителя войти. Западный фасад надвратной церкви и Святых ворот выглядит лёгким и изящным благодаря композиции из трёх арок ворот и удачному чередованию ярусов низкого четверика с высоким восьмериком и небольшой гранёной главкой. Центральная арка отмечена белокаменной гирькой и тройным архивольтом. Боковые арки ведут в открытые лоджии, из которых можно попасть в караульные помещения. Между арками на фасаде стоят тонкие парные полуколонны с оригинальными капителями, поддерживающие карниз ворот с белокаменным парапетом, ограждающим гульбище церкви, занимающей второй ярус Святых ворот.