Le temple de Jean Baptiste a été construit en trois ans et achevé en 1698, en même temps que l'élévation des Portes Saintes. L'église de Jean Baptiste se distingue par son apparence unique et est un monument architectural exceptionnel, s'harmonisant parfaitement avec l'église du Saint-Esprit. De nombreux chercheurs supposent qu'elle a été conçue par l'architecte Yakov Grigorievich Boukhvostov. L'église apparaît légère et s'élève vers le ciel, tandis que ses murs extérieurs et les Portes Saintes sont richement ornés de sculptures en pierre. L'accent est mis sur l'octogone, dont les faces sont ornées de huit encadrements en pierre blanche identiques. Trois d'entre eux contiennent des fenêtres, l'est une fausse fenêtre, et les autres, de grandes figures en céramique des évangélistes, des carreaux uniques ayant survécu jusqu'à nos jours. En Russie, les églises étaient souvent décorées d'images en carreaux, mais ici ce ne sont pas simplement des « carrés » ou des « bandes ». Entre les fenêtres sur les faces de l'octogone se trouvent de grands panneaux multicolores, presque de la taille d'un homme, représentant les évangélistes, bien visibles depuis le sol. L'auteur de ces figures en carreaux était le maître Stepan Poloubes, connu pour ses œuvres à Moscou et dans ses environs, ainsi qu'au monastère de Joseph-Volotsk et au monastère de Novo-Ierusalim. Ces précieux bas-reliefs, tout comme les séraphins pour la salle à manger, ont été fabriqués à Moscou et achetés au maître en 1691. L'église de Jean Baptiste au-dessus des Portes Saintes a été construite en même temps que le mur oriental du monastère et achevée en 1698. Ce petit temple à deux niveaux, représentant un octogone sur un carré, se termine par un tambour octogonal avec une coupole. La forme cubique des Portes Saintes sert à la fois de piédestal et de porche pour l'église. Ces deux structures, l'église et les portes, sont si bien liées architectoniquement qu'elles sont perçues comme un tout. L'architecte a utilisé une construction en niveaux des volumes, résolvant différemment leurs façades. La façade orientale, donnant sur l'extérieur du mur du monastère, est conçue comme une tour de passage de la forteresse. La partie extérieure des portes avec l'abside de l'église est avancée et décorée de manière austère, presque sans ornement. Les petites fenêtres de l'abside rappellent des meurtrières. La sévérité de la façade est adoucie par des demi-colonnes angulaires des portes et un triple archivolte avec un poids en pierre blanche au-dessus de l'arc. L'octogone, se retirant au second plan, attire l'attention à l'intérieur du monastère et invite le visiteur à entrer. La façade occidentale de l'église sur le portail et des Portes Saintes apparaît légère et élégante grâce à la composition de trois arcs des portes et à l'alternance réussie des niveaux du bas carré avec le haut octogone et une petite coupole angulaire. L'arc central est marqué par un poids en pierre blanche et un triple archivolte. Les arcs latéraux mènent à des loggias ouvertes, d'où l'on peut accéder aux locaux de garde. Entre les arcs sur la façade se tiennent de fines demi-colonnes jumelées avec des chapiteaux originaux, soutenant le corniche des portes avec un parapet en pierre blanche, délimitant le sol de l'église, occupant le deuxième niveau des Portes Saintes.