El templo de Juan Bautista fue construido en tres años y finalizado en 1698, al mismo tiempo que se levantaban las Puertas Sagradas. La iglesia de Juan Bautista se distingue por su aspecto único y es un destacado monumento arquitectónico que se armoniza con la iglesia del Espíritu Santo. Muchos investigadores sugieren que fue diseñada por el arquitecto Yakov Grigoryevich Bukhvostov. La iglesia se ve ligera y se eleva hacia el cielo, y sus paredes exteriores y las Puertas Sagradas están ricamente decoradas con tallas en piedra. La atención principal en la decoración se centra en el octógono, cuyas caras tienen ocho dinteles de piedra blanca idénticos. En tres de ellos hay ventanas, en la oriental, una ventana falsa, y en los demás, grandes figuras cerámicas de los evangelistas, azulejos únicos que se han conservado hasta nuestros días. En Rusia, los templos a menudo se decoraban con imágenes de azulejos, pero aquí no son simplemente 'cuadrados' o 'rayas'. Entre las ventanas en las caras del octógono hay grandes paneles multicolores, casi del tamaño de una persona, con imágenes de los evangelistas, que son bien visibles desde el suelo. El autor de estas figuras de azulejos fue el maestro Stepan Polubes, conocido por sus trabajos en Moscú y sus alrededores, así como en los monasterios de Iosifo-Volotsky y Novo-Ierusalimsky. Estos valiosos relieves, al igual que los serafines para el refectorio, fueron fabricados en Moscú y comprados al maestro en 1691. La iglesia de Juan Bautista sobre las Puertas Sagradas se construyó al mismo tiempo que la muralla oriental del monasterio y se completó en 1698. Este pequeño templo de dos niveles, que representa un octógono sobre un cuadrado, se corona con un tambor octogonal con una cúpula. La forma cúbica de las Puertas Sagradas sirve tanto de pedestal como de pórtico para la iglesia. Estas dos estructuras, la iglesia y las puertas, están tan bien conectadas arquitectónicamente que se perciben como un todo. El arquitecto utilizó una construcción escalonada de volúmenes, resolviendo de diferentes maneras sus fachadas. La fachada oriental, que da al exterior de la muralla del monasterio, está diseñada como una torre de paso de la fortaleza. La parte externa de las puertas con la ábside de la iglesia está adelantada y decorada de manera austera, casi sin adornos. Las pequeñas ventanas de la ábside recuerdan a las saeteras. La severidad de la fachada se suaviza con columnas semi-redondas en las esquinas de las puertas y un triple arco con un contrapeso de piedra blanca sobre el arco. El octógono, que retrocede al segundo plano, dirige la atención hacia el interior del monasterio e invita al visitante a entrar. La fachada occidental de la iglesia de la puerta y las Puertas Sagradas se ve ligera y elegante gracias a la composición de tres arcos de las puertas y la exitosa alternancia de niveles del bajo cuadrado con el alto octógono y una pequeña cúpula facetada. El arco central está marcado con un contrapeso de piedra blanca y un triple arco. Los arcos laterales conducen a logias abiertas, desde las cuales se puede acceder a las habitaciones de guardia. Entre los arcos en la fachada se encuentran delgadas columnas semi-redondas con capiteles originales, que sostienen el cornisa de las puertas con un parapeto de piedra blanca que rodea el espacio de la iglesia, que ocupa el segundo nivel de las Puertas Sagradas.