В писцовых книгах 1628-1630 годов впервые упоминается деревянная церковь, посвящённая святому Иоанну Милостивому. В книге 1630 года, составленной Михаилом Трусовым и дьяком Фёдором Витовтом, говорится, что детям князя Григория Петровича Ромодановского принадлежала родовая вотчина, погост Богоявленская слободка на реке Мстёре. На этом погосте находилась каменная церковь Богоявления и деревянная церковь Иоанна Милостивого, в которых были образы, книги и ризы. В середине XVII века при церкви был основан женский монастырь, однако точная дата и основатель остаются неизвестными. Возможно, это был домовой монастырь княгинь Ромодановских, некоторые из которых упоминаются в синодике как схимонахини. Согласно описи слободы Мстёры 1710 года, при церкви Иоанна Милостивого с приделом в честь Казанской иконы Божией Матери существовал женский монастырь, где также находилась деревянная церковь в честь Филиппа Митрополита. Именно здесь зародилась знаменитая Мстёрская вышивка гладью.

В начале 1930-х годов храм был переоборудован под клуб имени Первого Мая, а затем стал клубом клеёночной фабрики имени Дзержинского. Стенные росписи были закрашены, в алтаре устроена сцена, колокольня и ограда разобраны, а часовня превращена в лавку по продаже керосина. В конце 1950-х годов часовню также разобрали, а кирпич использовали для строительства фойе с северной стороны здания и кинобудки с кассами с западной стороны. После таких изменений церковь утратила свой первоначальный облик и стала культурным учреждением.

В 2005 году женский монастырь Святителя Иоанна Милостивого был возобновлён как подворье Благовещенского монастыря в Вязниках. В 2006 году на территории монастыря установили поклонный крест, а на восстановленном храме Иоанна Милостивого, купол. В январе 2007 года крест на куполе был освящён и установлен. В настоящее время женский монастырь Иоанна Милостивого вместе с мужским Богоявленским монастырём являются главными достопримечательностями Мстёры.

С 29 апреля 2009 года монастырь стал подворьем Свято-Благовещенского женского монастыря в Вязниках. С 11 марта 2014 года указом епископа Муромского и Вязниковского Нила подворье преобразовано в Архиерейское подворье святителя Иоанна Милостивого в посёлке Мстера. Настоятельницей подворья является монахиня Фомаида Зуйченко.