Dans les livres de cadastre de 1628-1630, on mentionne pour la première fois une église en bois dédiée à saint Jean Miséricordieux. Dans le livre de 1630, rédigé par Mikhaïl Troussov et le diacre Fiodor Vitovt, il est indiqué que les enfants du prince Grigori Petrovitch Romodanovski possédaient la propriété familiale, le lieu de Bogoïavlenskaïa slobodka sur la rivière Mstiora. Sur ce lieu se trouvaient l'église en pierre de l'Épiphanie et l'église en bois de Jean Miséricordieux, où il y avait des icônes, des livres et des ornements. Au milieu du XVIIe siècle, un monastère féminin a été fondé près de l'église, mais la date exacte et le fondateur restent inconnus. Il est possible qu'il s'agisse d'un monastère domestique des princesses Romodanov, dont certaines sont mentionnées dans le synodique comme schimonachines. Selon l'inventaire de la sloboda de Mstiora de 1710, près de l'église de Jean Miséricordieux avec une chapelle en l'honneur de l'icône de Kazan de la Mère de Dieu, il y avait un monastère féminin, où se trouvait également une église en bois en l'honneur de Philippe, Métropolite. C'est ici que la célèbre broderie de Mstiora a vu le jour.

Au début des années 1930, le temple a été réaménagé en club du Premier Mai, puis est devenu le club de l'usine de toile cirée nommée d'après Dzerjinski. Les fresques murales ont été recouvertes, une scène a été aménagée dans l'autel, le clocher et la clôture ont été démontés, et la chapelle a été transformée en magasin de vente de kérosène. À la fin des années 1950, la chapelle a également été démolie, et les briques ont été utilisées pour construire le hall du côté nord du bâtiment et la cabine de projection avec les guichets du côté ouest. Après de tels changements, l'église a perdu son apparence originale et est devenue un établissement culturel.

En 2005, le monastère féminin de Saint Jean Miséricordieux a été rétabli comme dépendance du monastère de l'Annonciation à Viazniki. En 2006, une croix de vénération a été installée sur le territoire du monastère, et sur l'église restaurée de Jean Miséricordieux, un dôme. En janvier 2007, la croix sur le dôme a été bénie et installée. Actuellement, le monastère féminin de Jean Miséricordieux, avec le monastère masculin de l'Épiphanie, est l'une des principales attractions de Mstiora.

Depuis le 29 avril 2009, le monastère est devenu une dépendance du monastère féminin de la Sainte Annonciation à Viazniki. Par décret de l'évêque de Mourom et de Viazniki, Nila, depuis le 11 mars 2014, la dépendance a été transformée en dépendance archiépiscopale de saint Jean Miséricordieux dans le village de Mstiora. La supérieure de la dépendance est la moniale Fomaïda Zuychenko.