При строительстве Куйбышевской ГЭС возникла необходимость затопления города Ставрополь-на-Волге, который сейчас известен как Тольятти, и создания на его месте Куйбышевского водохранилища. Многие здания и сооружения были разобраны и перенесены в другое место. Церковные постройки, такие как храмы и колокольни, также подверглись разборке или взрывам. Троицкий собор, главный храм города, не избежал этой участи. В 1999 году мэрия Тольятти выделила участок на пересечении улиц Мира и Голосова для строительства нового Троицкого собора. В августе того же года был создан приход будущего собора и избраны его управляющие органы: приходской совет и ревизионная комиссия. 27 сентября 1999 года архиепископ Самарский и Сызранский Сергий вместе с духовенством Тольятти провёл водосвятный молебен и освятил крест на месте будущего строительства. 14 октября 1999 года патриарх Московский и всея Руси Алексий II, находясь в Тольятти, благословил крест на месте будущего собора. Чтобы начать богослужения, процесс освоения участка был разделён на два этапа. На первом этапе построили храм во имя апостола и евангелиста Иоанна Богослова, где проводятся богослужения во время строительства Троицкого собора. После завершения строительства Троицкий собор и храм Иоанна Богослова составят центральную часть архитектурного ансамбля. На втором этапе будет возведён основной храм Святой Троицы. Строительство храма Иоанна Богослова началось весной 2002 года. 8 октября 2003 года городское духовенство провело малое освящение храма, а позже его освятил архиепископ Сергий. 10 мая 2013 года митрополит Сергий освятил колокола для звонницы, построенной весной того же года.