Lors de la construction du barrage de Kouïbychev, il a été nécessaire d'inonder la ville de Stavropol-sur-Volga, qui est maintenant connue sous le nom de Togliatti, et de créer à sa place le réservoir de Kouïbychev. De nombreux bâtiments et structures ont été démontés et déplacés ailleurs. Les constructions religieuses, telles que les églises et les clochers, ont également été démontées ou détruites par des explosions. La cathédrale de la Trinité, le principal temple de la ville, n'a pas échappé à ce sort. En 1999, la mairie de Togliatti a attribué un terrain à l'intersection des rues Mira et Golosova pour la construction d'une nouvelle cathédrale de la Trinité. En août de la même année, une paroisse a été créée pour la future cathédrale et ses organes de gestion ont été élus : le conseil paroissial et la commission de vérification. Le 27 septembre 1999, l'archevêque de Samara et de Syzran, Serge, avec le clergé de Togliatti, a célébré un service de bénédiction de l'eau et a consacré la croix à l'emplacement de la future construction. Le 14 octobre 1999, le patriarche de Moscou et de toute la Russie, Alexis II, en visite à Togliatti, a béni la croix à l'emplacement de la future cathédrale. Pour commencer les services religieux, le processus d'aménagement du terrain a été divisé en deux étapes. À la première étape, une église a été construite au nom de l'apôtre et évangéliste Jean Baptiste, où des services religieux sont célébrés pendant la construction de la cathédrale de la Trinité. Une fois la construction achevée, la cathédrale de la Trinité et l'église de Jean Baptiste constitueront la partie centrale de l'ensemble architectural. À la deuxième étape, le temple principal de la Sainte Trinité sera érigé. La construction de l'église de Jean Baptiste a commencé au printemps 2002. Le 8 octobre 2003, le clergé de la ville a célébré une petite consécration de l'église, et plus tard, elle a été consacrée par l'archevêque Serge. Le 10 mai 2013, le métropolite Serge a consacré les cloches pour le clocher, construit au printemps de la même année.