В 1643 году в Ильинском, по указу патриарха Иосифа, была возведена новая деревянная церковь с двумя престолами, посвящёнными Святому апостолу и евангелисту Иоанну Богослову и Святому пророку Илии. Строительством руководил архимандрит Юрьевского Архангельского монастыря Дионисий. Патриарх Иосиф пожертвовал новому храму иконы, книги, колокола и прочее церковное имущество.

Патриарх Иосиф был интронизирован 27 марта 1642 года. Его служение отличалось строгим соблюдением церковных уставов. Вступив в должность, он обратился к духовенству и мирянам с поучением, состоящим из трёх частей, адресованных епископам, царю и боярам, а также рядовым священнослужителям. В 1643 году патриарх Иосиф защищал православие в дискуссии с лютеранским пастором Фильгобером, прибывшим в Москву с датским принцем Вольдемаром. При нём было издано 36 книг, из которых 14 ранее не издавались в России. Были обретены мощи преподобного Кирилла Новоезерского, преподобного Саввы Сторожевского Звенигородского и благоверного князя Георгия Всеволодовича. На средства патриарха была изготовлена серебряная рака для мощей князя Георгия во Владимирском Успенском соборе. В 1647 году в Царёво-Кокшайске была явлена чудотворная икона жен-мироносиц, и на этом месте построили храм. 5 апреля 1652 года в Москву были перенесены мощи патриарха Иова. Патриарх Иосиф уделял большое внимание духовному просвещению, и в 1649 году в Москве открылось духовное училище при Андреевском монастыре. На Земском соборе 1651 года, посвящённом вопросу о воссоединении Украины с Россией, он проявил себя как истинный патриот, решительно поддержав воссоединение. Патриарх Иосиф скончался 15 апреля 1652 года, оплаканный царём, его окружением и народом. Он был похоронен в Успенском соборе рядом с гробницей первого патриарха Московского Иова, на месте, которое сам выбрал перед смертью.

В 1643 году церковный причт состоял из священника Савелия Семенова, дьячка Абрамка Васильева и пономаря Стеньки Пименова. В 1669 году в окладных книгах записано: «В селе Ильинском церковь Святого апостола и евангелиста Иоанна Богослова и Святого пророка Илии, во дворе поп Савва с детьми Сенкою, Олешкою, Савкою, тяглых крестьянских 48 дворов, бобыльских 4 двора».

В церкви хранилось старинное евангелие, напечатанное в 1677 году, с надписью: «В честь и хвалу Богознаменитого храма Его и угодников Его Святого Славного Апостола и Евангелиста Иоанна Богослова и Святого пророка огнеколесничника Илии, в патриаршую вотчину в село Ильинское тщанием о родительской памяти и своем спасении Чудова монастыря многогрешного старца Макария в вечный поминок, а кто сию книгу от святыя Божия церкви отлучит продаст или заложит и наше обещание ни во что вменит и его со мною за сие судит Бог на втором своем страшном пришествии хотяща воздати комуждо по делом его».

После упразднения патриаршества село перешло в ведение Синодального приказа.

В 1792 году прихожане на свои средства построили вместо старой деревянной церкви каменную, сохранив посвящение прежним святым. При церкви была возведена каменная колокольня и ограда. В 1868 году в главном храме установили новый резной позолоченный иконостас, а стены украсили священными картинами. В 1873 году в Ильинском приделе также поставили новый иконостас, который был вызолочен в 1876 году.