En 1643, en Ilyinskoye, por orden del patriarca José, se construyó una nueva iglesia de madera con dos altares, dedicados al Santo apóstol y evangelista Juan el Teólogo y al Santo profeta Elías. La construcción fue dirigida por el archimandrita Dionisio del monasterio de San Jorge de Arkhangelsk. El patriarca José donó íconos, libros, campanas y otros bienes eclesiásticos a la nueva iglesia.

El patriarca José fue entronizado el 27 de marzo de 1642. Su ministerio se caracterizó por el estricto cumplimiento de los cánones eclesiásticos. Al asumir el cargo, se dirigió al clero y a los laicos con una enseñanza compuesta de tres partes, dirigidas a los obispos, al rey y a los boyardos, así como a los sacerdotes ordinarios. En 1643, el patriarca José defendió la ortodoxia en un debate con el pastor luterano Filgober, quien llegó a Moscú con el príncipe danés Valdemar. Durante su mandato se publicaron 36 libros, de los cuales 14 no se habían publicado anteriormente en Rusia. Se encontraron las reliquias del venerable Cirilo de Novozyersk, del venerable Sabas de Zvenigorod y del príncipe piadoso Jorge Vsevolodovich. Con fondos del patriarca se fabricó un relicario de plata para las reliquias del príncipe Jorge en la catedral de la Asunción de Vladimir. En 1647, en Tsarevo-Kokshaysk, se manifestó un ícono milagroso de las mujeres miróforas, y en ese lugar se construyó una iglesia. El 5 de abril de 1652, las reliquias del patriarca Job fueron trasladadas a Moscú. El patriarca José prestó gran atención a la educación espiritual, y en 1649 se inauguró una escuela espiritual en Moscú en el monasterio de San Andrés. En el Concilio de la Tierra de 1651, dedicado a la cuestión de la reunificación de Ucrania con Rusia, se mostró como un verdadero patriota, apoyando decididamente la reunificación. El patriarca José falleció el 15 de abril de 1652, llorado por el rey, su entorno y el pueblo. Fue enterrado en la catedral de la Asunción junto a la tumba del primer patriarca de Moscú, Job, en el lugar que él mismo eligió antes de morir.

En 1643, el clero de la iglesia estaba compuesto por el sacerdote Savely Semenov, el diácono Abram Vasilyev y el sacristán Stenka Pimenov. En 1669, en los libros de ingresos se registró: "En el pueblo de Ilyinskoye, la iglesia del Santo apóstol y evangelista Juan el Teólogo y del Santo profeta Elías, en el patio del sacerdote Savva con los niños Senkoy, Oleshka, Savka, de 48 casas de campesinos y 4 casas de bóboles".

En la iglesia se guardaba un antiguo evangelio, impreso en 1677, con la inscripción: "En honor y alabanza del templo de Dios y de sus santos, el Santo Glorioso Apóstol y Evangelista Juan el Teólogo y el Santo profeta Elías, en la herencia patriarcal en el pueblo de Ilyinskoye, por el cuidado de la memoria parental y su salvación, del anciano pecador Macario del monasterio Chudov, para el recuerdo eterno, y quien de esta santa iglesia de Dios lo separe, venda o empeñe, y nuestra promesa no tenga en cuenta, que Dios lo juzgue en su segundo y terrible advenimiento, queriendo dar a cada uno según sus obras".

Después de la abolición del patriarcado, el pueblo pasó a estar bajo la administración del Sínodo.

En 1792, los feligreses construyeron a su costa una iglesia de piedra en lugar de la antigua iglesia de madera, manteniendo la dedicación a los santos anteriores. Se erigió un campanario de piedra y una cerca. En 1868, se instaló un nuevo iconostasio dorado en la iglesia principal, y las paredes se decoraron con pinturas sagradas. En 1873, también se colocó un nuevo iconostasio en la capilla de Ilyinskoye, que fue dorado en 1876.