En 1643, à Ilyinskoïe, sur ordre du patriarche Joseph, une nouvelle église en bois avec deux autels, dédiée au Saint Apôtre et Évangéliste Jean Baptiste et au Saint Prophète Élie, a été construite. La construction était dirigée par l'archimandrite Dionysius du monastère de l'Archange à Youriev. Le patriarche Joseph a fait don à la nouvelle église d'icônes, de livres, de cloches et d'autres biens ecclésiastiques.

Le patriarche Joseph a été intronisé le 27 mars 1642. Son ministère se distinguait par le strict respect des statuts ecclésiastiques. À son entrée en fonction, il s'est adressé au clergé et aux laïcs avec un enseignement en trois parties, adressé aux évêques, au tsar et aux boyards, ainsi qu'aux prêtres ordinaires. En 1643, le patriarche Joseph a défendu l'orthodoxie dans une discussion avec le pasteur luthérien Philgober, arrivé à Moscou avec le prince danois Waldemar. Sous son règne, 36 livres ont été publiés, dont 14 n'avaient jamais été publiés en Russie. Les reliques des saints Cyrille de Novozeretski, Savva de Zvenigorod et du prince Georges Vsevolodovitch ont été retrouvées. Avec les fonds du patriarche, un reliquaire en argent a été fabriqué pour les reliques du prince Georges dans la cathédrale de l'Assomption à Vladimir. En 1647, une icône miraculeuse des femmes myrrhophores a été révélée à Tsarevo-Kokshaïsk, et une église a été construite à cet endroit. Le 5 avril 1652, les reliques du patriarche Job ont été transférées à Moscou. Le patriarche Joseph a accordé une grande attention à l'enseignement spirituel, et en 1649, une école spirituelle a été ouverte à Moscou au monastère d'André. Au concile de la terre de 1651, consacré à la question de la réunification de l'Ukraine avec la Russie, il s'est révélé être un véritable patriote, soutenant résolument la réunification. Le patriarche Joseph est décédé le 15 avril 1652, pleuré par le tsar, son entourage et le peuple. Il a été enterré dans la cathédrale de l'Assomption à côté de la tombe du premier patriarche de Moscou, Job, à l'endroit qu'il avait lui-même choisi avant sa mort.

En 1643, le clergé de l'église était composé du prêtre Savely Semenov, du diacre Abram Vasilyev et du sacristain Stenka Pimenov. En 1669, les livres de comptes indiquent : « Dans le village d'Ilyinskoïe, l'église du Saint Apôtre et Évangéliste Jean Baptiste et du Saint Prophète Élie, dans la cour du prêtre Savva avec ses enfants Senka, Olesha, Savka, 48 foyers de paysans, 4 foyers de paysans sans terre. »

L'église conservait un ancien évangile, imprimé en 1677, avec l'inscription : « En l'honneur et à la louange de la célèbre église de Dieu et de ses saints, le Saint Glorieux Apôtre et Évangéliste Jean Baptiste et le Saint Prophète Élie, dans le domaine patriarcal au village d'Ilyinskoïe, par le soin du pécheur âgé Macaire du monastère de Chudov pour la mémoire éternelle de ses parents et son salut, et quiconque séparera, vendra ou mettra en gage ce livre de l'église sainte de Dieu et ne tiendra pas notre promesse pour rien, que Dieu le juge avec moi lors de sa seconde et terrible venue, voulant rendre à chacun selon ses œuvres. »

Après l'abolition du patriarcat, le village est passé sous la direction du Synode.

En 1792, les paroissiens ont construit, à leurs frais, une église en pierre à la place de l'ancienne église en bois, en conservant la dédicace aux saints précédents. Une cloche en pierre et une clôture ont été érigées autour de l'église. En 1868, un nouvel iconostase sculpté et doré a été installé dans le temple principal, et les murs ont été décorés de tableaux sacrés. En 1873, un nouvel iconostase a également été installé dans la chapelle d'Ilyinskoïe, qui a été doré en 1876.