Im Jahr 1643 wurde in Iljinskoje auf Anordnung des Patriarchen Joseph eine neue hölzerne Kirche mit zwei Altären errichtet, die dem Heiligen Apostel und Evangelisten Johannes dem Theologen und dem Heiligen Propheten Elias gewidmet sind. Der Bau wurde von dem Archimandriten Dionysius des Jurjew-Archangelski-Klosters geleitet. Patriarch Joseph spendete der neuen Kirche Ikonen, Bücher, Glocken und weiteres kirchliches Eigentum.

Patriarch Joseph wurde am 27. März 1642 inthronisiert. Sein Dienst zeichnete sich durch strikte Einhaltung der kirchlichen Vorschriften aus. Bei seinem Amtsantritt wandte er sich mit einer Lehre, die aus drei Teilen bestand, an das Klerus und die Laien, die an die Bischöfe, den Zaren und die Bojaren sowie an die einfachen Priester gerichtet war. Im Jahr 1643 verteidigte Patriarch Joseph das orthodoxe Christentum in einer Diskussion mit dem lutherischen Pastor Filgober, der mit dem dänischen Prinzen Waldemar nach Moskau gekommen war. Unter ihm wurden 36 Bücher veröffentlicht, von denen 14 zuvor nicht in Russland erschienen waren. Die Reliquien des heiligen Kyrill von Nowojesersk, des heiligen Sawwa von Storozhewo und des frommen Fürsten Georg von Wsewoldowitsch wurden gefunden. Auf Kosten des Patriarchen wurde ein silberner Schrein für die Reliquien des Fürsten Georg in der Uspenski-Kathedrale in Wladimir angefertigt. Im Jahr 1647 wurde in Zarjowo-Kokschajsk ein wundertätiges Ikone der Frauen-Mirren gebracht, und an diesem Ort wurde eine Kirche erbaut. Am 5. April 1652 wurden die Reliquien des Patriarchen Job nach Moskau überführt. Patriarch Joseph widmete der geistlichen Aufklärung große Aufmerksamkeit, und im Jahr 1649 wurde in Moskau eine geistliche Schule im Andrejew-Kloster eröffnet. Auf dem Erdenrat von 1651, der dem Thema der Wiedervereinigung der Ukraine mit Russland gewidmet war, zeigte er sich als wahrer Patriot und unterstützte entschieden die Wiedervereinigung. Patriarch Joseph starb am 15. April 1652, betrauert von dem Zaren, seinem Gefolge und dem Volk. Er wurde in der Uspenski-Kathedrale neben dem Grab des ersten Patriarchen von Moskau, Job, beigesetzt, an einem Ort, den er selbst vor seinem Tod gewählt hatte.

Im Jahr 1643 bestand die Kirchengemeinde aus dem Priester Sawelij Semjonow, dem Diakon Abramka Wassiljew und dem Ponomar Stjenka Pimenow. Im Jahr 1669 wurde in den Einkommensbüchern vermerkt: „Im Dorf Iljinskoje die Kirche des Heiligen Apostels und Evangelisten Johannes des Theologen und des Heiligen Propheten Elias, im Hof des Priesters Sawwa mit den Kindern Senko, Olesko, Sawko, 48 Bauernhöfen und 4 Haushalten von Bobil.“

In der Kirche wurde ein altes Evangelium aufbewahrt, das 1677 gedruckt wurde, mit der Inschrift: „Zur Ehre und zum Lob des Gottgeweihten Tempels und seiner Heiligen, des Heiligen Ruhmreichen Apostels und Evangelisten Johannes des Theologen und des Heiligen Propheten Elias, in das Erbe des Patriarchen in das Dorf Iljinskoje, zum Andenken an die Eltern und zu meinem Heil, durch die Mühe des vielsündigen Alten Makarius des Tschudow-Klosters, zur ewigen Erinnerung. Wer dieses Buch von der heiligen Gottesgemeinde abtrennen, verkaufen oder verpfänden wird und unser Versprechen für nichts erachten wird, den wird Gott am zweiten, schrecklichen Kommen richten, um jedem nach seinen Taten zu vergelten.“

Nach der Abschaffung des Patriarchats wurde das Dorf in die Verwaltung des Synodalbüros übergeben.

Im Jahr 1792 bauten die Gemeindemitglieder auf eigene Kosten anstelle der alten Holzkirche eine steinerne, die den früheren Heiligen gewidmet blieb. Neben der Kirche wurde ein steinerner Glockenturm und eine Umzäunung errichtet. Im Jahr 1868 wurde im Haupttempel ein neuer geschnitzter vergoldeter Ikonostase installiert, und die Wände wurden mit heiligen Bildern geschmückt. Im Jahr 1873 wurde auch im Iljinskoje-Tempel ein neuer Ikonostase aufgestellt, der 1876 vergoldet wurde.