В январе 2001 года на проспекте Гая открылась молитвенная комната, ставшая центром духовной жизни прихода, где регулярно проводились молебны, акафисты и панихиды. В районе остро не хватало храма, но средств на строительство большого здания не было. Поэтому решили возвести небольшой храм в честь святых праведных Иоакима и Анны, который заложили в 2002 году, а освятили уже в 2004 году. Помимо храма, был построен административный комплекс с трапезной и воскресной школой, которая сразу начала работу.

После начала богослужений в Иоакимо-Аннинском храме стало очевидно, что он не вмещает всех желающих, особенно в праздники. Возникла острая необходимость в более вместительном храме. Проект для нового храма предложил отцу Сергию Владыка Прокл, который посоветовал съездить в Рузаевку в Мордовии и посмотреть там Никольский храм. Этот проект и стал основой для Иоанно-Предтеченского храма. По такому же проекту построен Спасо-Преображенский храм в Мелекессе, но Иоанно-Предтеченский отличается куполом: вместо восьмигранного и тяжелого, решили сделать большой и легкий.

8 мая 2008 года, после завершения начатых в 2006 году грунтовых работ и нулевого цикла, архиепископ Прокл освятил фундамент и заложил первый камень в основание алтаря будущего храма.

22 января 2012 года, в первое воскресенье после Богоявления и на следующий день после престольного праздника храма, архиепископ Симбирский и Мелекесский Прокл совершил чин освящения и первую Литургию в новом храме.