En enero de 2001, se abrió una sala de oración en el bulevar Gaya, que se convirtió en el centro de la vida espiritual de la parroquia, donde se celebraban regularmente moliendas, akathistos y panihidas. En la zona había una aguda falta de iglesia, pero no había fondos para construir un gran edificio. Por lo tanto, se decidió construir una pequeña iglesia en honor a los santos justos Joaquín y Ana, que se fundó en 2002 y se consagró en 2004. Además de la iglesia, se construyó un complejo administrativo con comedor y escuela dominical, que comenzó a funcionar de inmediato.

Después del inicio de los servicios en la iglesia de Joaquín y Ana, se hizo evidente que no podía albergar a todos los que deseaban asistir, especialmente en las festividades. Surgió una necesidad urgente de una iglesia más grande. El proyecto para la nueva iglesia fue propuesto al padre Sergio por el obispo Proclo, quien sugirió visitar la iglesia de Nicolás en Ruzaevka, en Mordovia, para observarla. Este proyecto se convirtió en la base para la iglesia de Juan el Bautista. La iglesia de Spaso-Transfiguración en Melekesse fue construida con el mismo proyecto, pero la iglesia de Juan el Bautista se distingue por su cúpula: en lugar de una octogonal y pesada, decidieron hacer una grande y ligera.

El 8 de mayo de 2008, tras la finalización de los trabajos de cimentación y el ciclo cero iniciados en 2006, el arzobispo Proclo consagró la base y colocó la primera piedra en el altar de la futura iglesia.

El 22 de enero de 2012, el primer domingo después de la Epifanía y al día siguiente de la festividad del altar de la iglesia, el arzobispo de Simbirsk y Melekesky Proclo realizó el rito de consagración y la primera Liturgia en la nueva iglesia.