En janvier 2001, une salle de prière a ouvert sur l'avenue Gaya, devenant le centre de la vie spirituelle de la paroisse, où des prières, des akathistes et des offices funèbres étaient régulièrement célébrés. La région manquait cruellement d'une église, mais il n'y avait pas de fonds pour construire un grand bâtiment. Il a donc été décidé de construire une petite église en l'honneur des saints justes Joachim et Anne, qui a été posée en 2002 et consacrée en 2004. En plus de l'église, un complexe administratif avec une salle à manger et une école du dimanche a été construit, qui a immédiatement commencé à fonctionner.

Après le début des services dans l'église de Joachim et Anne, il est devenu évident qu'elle ne pouvait pas accueillir tous les souhaitants, surtout pendant les fêtes. Il y avait un besoin urgent d'une église plus spacieuse. Le projet pour la nouvelle église a été proposé par le père Serge, l'archevêque Prokl, qui a conseillé de se rendre à Ruzayevka en Mordovie pour voir l'église de Nicolas. Ce projet est devenu la base de l'église de Jean-Baptiste. Une église similaire a été construite à Spasskoe-Preobrazhenskoe à Melekesse, mais l'église de Jean-Baptiste se distingue par son dôme : au lieu d'un dôme octogonal et lourd, il a été décidé de faire un grand et léger.

Le 8 mai 2008, après l'achèvement des travaux de fondation et du cycle zéro commencés en 2006, l'archevêque Prokl a consacré les fondations et a posé la première pierre de l'autel de la future église.

Le 22 janvier 2012, le premier dimanche après l'Épiphanie et le lendemain de la fête patronale de l'église, l'archevêque de Simbirsk et de Melekess Prokl a célébré la consécration et la première Liturgie dans la nouvelle église.