Im Januar 2001 wurde in der Gaya-Allee ein Gebetsraum eröffnet, der zum Zentrum des geistlichen Lebens der Gemeinde wurde, wo regelmäßig Gottesdienste, Akathisten und Seelenämter stattfanden. In der Gegend fehlte es akut an einer Kirche, aber es gab keine Mittel für den Bau eines großen Gebäudes. Daher entschied man sich, eine kleine Kirche zu Ehren der heiligen Gerechten Joachim und Anna zu errichten, deren Grundstein 2002 gelegt und die 2004 geweiht wurde. Neben der Kirche wurde ein Verwaltungsgebäude mit einer Kantine und einer Sonntagsschule gebaut, die sofort ihre Arbeit aufnahm.

Nach Beginn der Gottesdienste in der Joachim- und Anna-Kirche wurde offensichtlich, dass sie nicht alle Wünsche erfüllte, insbesondere an Feiertagen. Es gab einen dringenden Bedarf an einer geräumigeren Kirche. Das Projekt für die neue Kirche schlug Vater Sergius vor, der von Bischof Prokl die Empfehlung erhielt, nach Ruzajewka in Mordwinien zu fahren und die Nikolauskirche dort zu besichtigen. Dieses Projekt wurde die Grundlage für die Johannes-der-Täufer-Kirche. Nach demselben Projekt wurde die Spaso-Transfiguration-Kirche in Melekess gebaut, aber die Johannes-der-Täufer-Kirche unterscheidet sich durch ihre Kuppel: Statt einer achteckigen und schweren Kuppel entschied man sich für eine große und leichte.

Am 8. Mai 2008, nach Abschluss der im Jahr 2006 begonnenen Erdarbeiten und des Nullzyklus, weihte Erzbischof Prokl das Fundament und legte den ersten Stein in das Fundament des zukünftigen Altars der Kirche.

Am 22. Januar 2012, am ersten Sonntag nach der Epiphanie und am Tag nach dem Patronatsfest der Kirche, vollzog Erzbischof Prokl von Simbirsk und Melekess die Weihe und die erste Liturgie in der neuen Kirche.