В 1899 году в Евпатории был освящён Свято-Никольский собор, но этого было недостаточно для православных жителей города. В 1901 году, по просьбе местной греческой общины, городская Дума Евпатории бесплатно выделила участок земли площадью 600 квадратных саженей для строительства новой церкви. Через шесть лет городской архитектор Адам Людвигович Генрих подготовил проект для этой цели.

В 1911 году было освящено место под строительство храма в честь пророка Илии, финансируемое греческой общиной. Значительную сумму пожертвовал судовладелец Панаит Давыдов, который также руководил строительством. Однако средства поступали медленно, и община обратилась в Думу за субсидией в размере 5 тысяч рублей. Городской голова Семён Эзрович Дуван согласился выплачивать субсидию частями и лично пожертвовал 400 рублей и бронзовую люстру. За помощь в строительстве храма Дуван был награждён Крестом Святого Спасителя от Короля Греции. Строительство началось 6 июня 1911 года и продолжалось до 1916 года под руководством архитектора Генриха. Здание строилось из местного камня-известняка. В углах между рукавами церкви находились четыре симметричные постройки: жертвенник, дьяконник, клирос и лестница на хоры. 30 июня 1918 года церковь пророка Илии открылась для верующих, а освящение провёл архиепископ Таврический Дмитрий, князь Абашидзе. Внутреннее убранство храма завершилось почти через 10 лет, уже в период гонений на Церковь.

После революции храм оставался действующим, но испытания не обошли его стороной. В 1922 году по Декрету ВЦИК изъяли церковные ценности. В 1936 году в Евпатории запретили колокольный звон, а затем закрыли храм, передав здание Комитету физкультуры и спорта. Настоятель протоиерей Елеазар Спиридонов написал об этом греческому консулу в Москву и был арестован, получив пять лет лагерей. Его отправили на Колыму, где он умер через полгода. В том же году власти расторгли договор с греческой общиной из-за невозможности ремонта здания. Во время Великой Отечественной войны храм вновь открыли, и службу вёл Иван Улезко. Однако в конце 1950-х годов храм снова закрыли из-за аварийного состояния колокольни. Её пытались разрушить с помощью военной техники, но удалось разобрать только верхние ярусы в 1959 году. Здание снова использовали как спортивный зал, а лики святых забелили.

В конце 1980-х годов верующие начали работу по возвращению церкви. В декабре 1989 года Евпаторийский исполком передал здание религиозной общине. 2 мая 1990 года архиепископ Варлаам освятил храм. Благодаря настоятелю Георгию Куницыну, восстановили звонницу и алтарь, вернули иконы. Иконы и росписи выполнили художники Ананий и Иван Мельничуки. К юбилею Евпатории в 2003 году восстановили колокольню и установили новый колокол, отлитый на предприятии “Благовест-1”.

Греческая церковь, в отличие от затейливого Николаевского собора, выглядит просто: гладкие стенки из ракушечника и лаконичные фасады. Храм построен в греко-византийском стиле и имеет форму креста. Он возвышается на высоком цоколе, что придаёт ему внушительный вид. Купол стоит на восьмигранном барабане с фронтонами. Украшением служат пилястры и арки с витражами. С востока расположена пятигранная апсида, главный вход оформлен аркой на полуколоннах. Трёхъярусная колокольня значительно выше купола. На апсиде виден след от шрапнели, выпущенной с турецкого крейсера “Мидилли” 24 апреля 1916 года.