En 1899, la cathédrale Saint-Nicolas a été consacrée à Eupatoria, mais cela n'était pas suffisant pour les habitants orthodoxes de la ville. En 1901, à la demande de la communauté grecque locale, la Douma d'Eupatoria a gratuitement alloué un terrain de 600 perches carrées pour la construction d'une nouvelle église. Six ans plus tard, l'architecte municipal Adam Ludwigovich Heinrich a préparé un projet à cet effet.

En 1911, le site de construction de l'église en l'honneur du prophète Élie a été consacré, financé par la communauté grecque. Une somme importante a été donnée par le propriétaire de navires Panaït Davydov, qui a également dirigé la construction. Cependant, les fonds arrivaient lentement, et la communauté a demandé à la Douma une subvention de 5 000 roubles. Le maire Semyon Ezrovich Duvan a accepté de verser la subvention par tranches et a personnellement fait un don de 400 roubles et d'un lustre en bronze. Pour son aide dans la construction de l'église, Duvan a été décoré de la Croix du Saint Sauveur par le Roi de Grèce. La construction a commencé le 6 juin 1911 et s'est poursuivie jusqu'en 1916 sous la direction de l'architecte Heinrich. Le bâtiment a été construit en pierre calcaire locale. Dans les coins entre les bras de l'église se trouvaient quatre constructions symétriques : l'autel, le diaconat, le chœur et l'escalier menant aux chœurs. Le 30 juin 1918, l'église du prophète Élie a ouvert ses portes aux croyants, et la consécration a été effectuée par l'archevêque de Tauride Dmitri, prince Abashidze. L'intérieur de l'église a été achevé presque dix ans plus tard, déjà pendant la période de persécutions contre l'Église.

Après la révolution, l'église est restée en activité, mais les épreuves ne l'ont pas épargnée. En 1922, par décret du VTsIK, les valeurs ecclésiastiques ont été confisquées. En 1936, la sonnerie des cloches a été interdite à Eupatoria, puis l'église a été fermée et le bâtiment a été transféré au Comité de la culture physique et du sport. Le prêtre Éléazar Spiridonov a écrit à ce sujet au consul grec à Moscou et a été arrêté, recevant cinq ans de camp. Il a été envoyé en Kolyma, où il est mort six mois plus tard. La même année, les autorités ont résilié le contrat avec la communauté grecque en raison de l'impossibilité de réparer le bâtiment. Pendant la Grande Guerre patriotique, l'église a été rouverte, et le service était dirigé par Ivan Ulezko. Cependant, à la fin des années 1950, l'église a de nouveau été fermée en raison de l'état d'urgence du clocher. On a tenté de le démolir avec des engins militaires, mais seules les parties supérieures ont pu être démontées en 1959. Le bâtiment a de nouveau été utilisé comme salle de sport, et les visages des saints ont été blanchis.

À la fin des années 1980, les croyants ont commencé à travailler pour récupérer l'église. En décembre 1989, l'exécutif d'Eupatoria a transféré le bâtiment à la communauté religieuse. Le 2 mai 1990, l'archevêque Varlaam a consacré l'église. Grâce au prêtre Georgy Kunitsyn, la cloche et l'autel ont été restaurés, et les icônes ont été restituées. Les icônes et les fresques ont été réalisées par les artistes Anani et Ivan Melnychuk. Pour le jubilé d'Eupatoria en 2003, le clocher a été restauré et une nouvelle cloche, fondue à l'usine 'Blagovest-1', a été installée.

L'église grecque, contrairement à la cathédrale Saint-Nicolas ornée, a un aspect simple : des murs lisses en pierre de coquillage et des façades épurées. L'église est construite dans le style gréco-byzantin et a la forme d'une croix. Elle s'élève sur un haut socle, ce qui lui donne un aspect imposant. Le dôme repose sur un tambour octogonal avec des frontons. Les pilastres et les arcs avec des vitraux servent de décorations. À l'est se trouve une abside pentagonale, et l'entrée principale est ornée d'un arc sur des demi-colonnes. Le clocher à trois niveaux est nettement plus haut que le dôme. Sur l'abside, on peut voir une marque de shrapnel tirée du croiseur turc 'Midilli' le 24 avril 1916.