Im Jahr 1899 wurde in Jewpatorija die Heilig-Nikolai-Kathedrale geweiht, doch dies war nicht ausreichend für die orthodoxen Einwohner der Stadt. 1901 stellte die Stadtverordnetenversammlung von Jewpatorija auf Anfrage der lokalen griechischen Gemeinde kostenlos ein Grundstück von 600 Quadratmaß für den Bau einer neuen Kirche zur Verfügung. Sechs Jahre später bereitete der Stadtarchitekt Adam Ludwigowitsch Genrich ein Projekt für dieses Vorhaben vor.

Im Jahr 1911 wurde der Standort für den Bau der Kirche zu Ehren des Propheten Elias geweiht, finanziert von der griechischen Gemeinde. Eine beträchtliche Summe spendete der Schiffsbesitzer Panait Dawydow, der auch die Bauleitung übernahm. Doch die Mittel kamen nur langsam, und die Gemeinde wandte sich an die Duma um einen Zuschuss von 5000 Rubel. Der Stadtbürgermeister Semjon Esrowitsch Duwan stimmte zu, den Zuschuss in Raten zu zahlen, und spendete persönlich 400 Rubel sowie einen bronzenen Kronleuchter. Für seine Hilfe beim Bau der Kirche wurde Duwan mit dem Kreuz des Heiligen Retters vom König von Griechenland ausgezeichnet. Der Bau begann am 6. Juni 1911 und dauerte bis 1916 unter der Leitung des Architekten Genrich. Das Gebäude wurde aus lokalem Kalkstein errichtet. An den Ecken zwischen den Armen der Kirche befanden sich vier symmetrische Bauten: der Altar, das Diakonat, der Choral und die Treppe zur Empore. Am 30. Juni 1918 wurde die Kirche des Propheten Elias für die Gläubigen eröffnet, und die Weihe wurde von Erzbischof Dmitri von Taurien, Fürst Abaschidse, durchgeführt. Die Inneneinrichtung der Kirche wurde fast zehn Jahre später, bereits während der Verfolgungen der Kirche, abgeschlossen.

Nach der Revolution blieb die Kirche aktiv, aber Prüfungen blieben ihr nicht erspart. 1922 wurden durch den Dekret des WZIK die kirchlichen Werte beschlagnahmt. 1936 wurde in Jewpatorija das Glockenläuten verboten, und die Kirche wurde geschlossen und das Gebäude dem Komitee für Körperkultur und Sport übergeben. Der Pfarrer Protopresbyter Eleasar Spiridonow schrieb darüber an den griechischen Konsul in Moskau und wurde verhaftet, wobei er fünf Jahre Lager erhielt. Er wurde nach Kolyma geschickt, wo er nach sechs Monaten starb. Im selben Jahr kündigten die Behörden den Vertrag mit der griechischen Gemeinde aufgrund der Unmöglichkeit, das Gebäude zu reparieren. Während des Großen Vaterländischen Krieges wurde die Kirche erneut geöffnet, und der Gottesdienst wurde von Ivan Ulezko geleitet. Doch Ende der 1950er Jahre wurde die Kirche erneut wegen des maroden Zustands des Glockenturms geschlossen. Dieser sollte mit militärischer Technik abgerissen werden, aber es gelang nur, die oberen Etagen 1959 abzureißen. Das Gebäude wurde erneut als Sporthalle genutzt, und die Heiligenbilder wurden übermalt.

Ende der 1980er Jahre begannen die Gläubigen mit der Arbeit zur Rückgabe der Kirche. Im Dezember 1989 übergab die Exekutive von Jewpatorija das Gebäude der religiösen Gemeinde. Am 2. Mai 1990 weihte Erzbischof Warlaam die Kirche. Dank des Pfarrers Georgij Kunizyn wurden die Glockenstube und der Altar restauriert, und die Ikonen wurden zurückgebracht. Die Ikonen und Fresken wurden von den Künstlern Ananij und Ivan Melnychuk ausgeführt. Zum Jubiläum von Jewpatorija wurde 2003 der Glockenturm restauriert und eine neue Glocke installiert, die im Unternehmen „Blagovest-1“ gegossen wurde.

Die griechische Kirche, im Gegensatz zur kunstvollen Nikolai-Kathedrale, wirkt schlicht: glatte Wände aus Muschelkalk und lakonische Fassaden. Die Kirche wurde im griechisch-byzantinischen Stil erbaut und hat die Form eines Kreuzes. Sie erhebt sich auf einem hohen Sockel, was ihr ein imposantes Aussehen verleiht. Die Kuppel steht auf einer achteckigen Trommel mit Giebeln. Die Dekoration bilden Pilaster und Bögen mit Glasmalereien. Im Osten befindet sich eine fünfseitige Apsis, der Haupteingang ist mit einem Bogen auf Halbsäulen gestaltet. Der dreigeschossige Glockenturm ist deutlich höher als die Kuppel. An der Apsis ist ein Einschuss von Granatsplittern zu sehen, die am 24. April 1916 von dem türkischen Kreuzer „Midilli“ abgefeuert wurden.