En 1899 se consagró la Catedral de San Nicolás en Eupatoria, pero esto no fue suficiente para los habitantes ortodoxos de la ciudad. En 1901, a petición de la comunidad griega local, la Duma de Eupatoria cedió gratuitamente un terreno de 600 sazhenes cuadrados para la construcción de una nueva iglesia. Seis años después, el arquitecto municipal Adam Ludwigovich Genrikh preparó un proyecto para este fin.

En 1911 se consagró el lugar para la construcción del templo en honor al profeta Elías, financiado por la comunidad griega. Una suma considerable fue donada por el armador Panait Davydov, quien también dirigió la construcción. Sin embargo, los fondos llegaban lentamente, y la comunidad solicitó a la Duma una subvención de 5 mil rublos. El alcalde Semión Ezrovich Duvan accedió a pagar la subvención en partes y donó personalmente 400 rublos y una lámpara de bronce. Por su ayuda en la construcción del templo, Duvan fue galardonado con la Cruz del Santo Salvador por el Rey de Grecia. La construcción comenzó el 6 de junio de 1911 y continuó hasta 1916 bajo la dirección del arquitecto Genrikh. El edificio se construyó con piedra caliza local. En las esquinas entre los brazos de la iglesia había cuatro construcciones simétricas: el altar, el diaconado, el clíros y la escalera a los coros. El 30 de junio de 1918, la iglesia del profeta Elías se abrió a los fieles, y la consagración fue realizada por el arzobispo Tavricheski Dmitri, príncipe Abashidze. La decoración interior del templo se completó casi diez años después, ya en el período de persecuciones a la Iglesia.

Después de la revolución, el templo siguió funcionando, pero las pruebas no lo eludieron. En 1922, por decreto del VTsIK, se confiscaron los valores de la iglesia. En 1936 se prohibió el toque de campanas en Eupatoria, y luego se cerró el templo, transfiriendo el edificio al Comité de Cultura Física y Deportes. El sacerdote protodiácono Eleazar Spiridónov escribió al cónsul griego en Moscú sobre esto y fue arrestado, recibiendo cinco años de campos. Lo enviaron a Kolymá, donde murió seis meses después. Ese mismo año, las autoridades rescindieron el contrato con la comunidad griega debido a la imposibilidad de reparar el edificio. Durante la Gran Guerra Patria, el templo se reabrió, y el servicio fue dirigido por Iván Ulezko. Sin embargo, a finales de la década de 1950, el templo se cerró nuevamente debido al estado de emergencia de la campanario. Intentaron destruirlo con maquinaria militar, pero solo lograron desmantelar los niveles superiores en 1959. El edificio se volvió a utilizar como gimnasio, y los rostros de los santos fueron blanqueados.

A finales de la década de 1980, los fieles comenzaron a trabajar para recuperar la iglesia. En diciembre de 1989, el ejecutivo de Eupatoria transfirió el edificio a la comunidad religiosa. El 2 de mayo de 1990, el arzobispo Varlaam consagró el templo. Gracias al sacerdote Georgiy Kunitsyn, se restauraron la campanario y el altar, y se devolvieron los íconos. Los íconos y frescos fueron realizados por los artistas Ananías e Iván Melnychuk. Para el aniversario de Eupatoria en 2003, se restauró la campanario y se instaló una nueva campana, fundida en la empresa “Blagovest-1”.

La iglesia griega, a diferencia de la elaborada catedral de Nicolás, se ve simple: paredes lisas de piedra de concha y fachadas lacónicas. El templo está construido en estilo greco-bizantino y tiene forma de cruz. Se eleva sobre un alto zócalo, lo que le da un aspecto imponente. La cúpula se asienta sobre un tambor octogonal con frontones. La decoración consiste en pilastras y arcos con vitrales. Al este se encuentra un ábside pentagonal, y la entrada principal está decorada con un arco sobre columnas semipilares. La campanario de tres niveles es significativamente más alta que la cúpula. En el ábside se puede ver la marca de una esquirla, disparada desde el crucero turco “Midilli” el 24 de abril de 1916.