Храм Бориса и Глеба в его нынешнем виде был построен в 1761 году благодаря финансированию местных купцов. Это типичный пример провинциального барокко: одноглавый храм в форме корабля, состоящий из высокого восьмерика, двускатной трапезной и трехъярусной колокольни со шпилем. В следующем году с северной стороны был добавлен небольшой бесстолпный храм Димитрия Ростовского, где службы проводились в холодное время года. После закрытия в 1928 году здания храмов использовались как цех и гараж. Лишенные глав и колокольни, они редко упоминаются в путеводителях и не привлекают внимание туристов. Согласно местному преданию, каменный храм был возведен князем Константином Всеволодовичем на месте древней деревянной церкви Кирика и Иулитты. Это место, где Пижерма впадает в озеро, является ядром городского поселения и древнейшей частью Ростова. Именно здесь, во время крещения Руси, крестили жителей города. Лаврентьевская летопись относит строительство храма к 1214-1218 годам. П.А. Раппопорт считает, что кирпичное здание было построено той же артелью, которая работала в Княгинином монастыре Владимира и в Спасском монастыре Ярославля. Первые русские святые были посвящены князьями дома Рюриковичей в дворцовых храмах в Вышгороде, Гродно и Кидекше. В 1970-х годах Н.Н. Вопонин, изучая церковь, обнаружил осколки битой плинфы, но не придал этому значения. В 1986 году Олег Иоаннисян, руководитель Архитектурно-археологической экспедиции Государственного Эрмитажа, пришел к выводу, что под храмом XVIII века сохранилась церковь из домонгольской плинфы. Обнаруженная плинфа была битой, что указывает на её повторное использование. Иоаннисян связал найденный храм с упоминанием в Никоновской летописи о строительстве церкви на княжьем дворе в 1287 году. Кладка этого четырехстолпного храма с одной апсидой отличается примитивной грубостью, не характерной для домонгольского зодчества. Здание было построено из бута с использованием опалубки и облицовано тонкими белокаменными плитами. Открытие Иоаннисяна опровергло тезис о прекращении каменного строительства на северо-востоке Руси после монгольского нашествия до времён Ивана Калиты. Это самая ранняя сохранившаяся постройка, возведённая на Руси после вторжения монголо-татар. Поскольку древняя церковь ушла в топкий грунт и была засыпана при строительстве вала в XVII веке, Иоаннисян планировал устроить музей в двух ярусах. Однако местные специалисты предлагали привести памятник в состояние внешнего благолепия, покрасить фасады, позолотить купола и установить леса на здании. Нерешённый вопрос о формах восстановления памятника привел к его консервации в руинированном состоянии, в котором он пребывает и сегодня.