Церковь расположена на Богоявленской площади напротив Спасо-Преображенского монастыря. Пятиглавый каменный храм был возведен в 1684-1693 годах на месте старинной деревянной церкви, упоминавшейся еще в XIII веке. Его строительство финансировал купец Алексей Абрамович Зубчанинов. Храм бесстолпный, пятиглавый, без подклета, с трех сторон окружен галереями, ведущими в приделы. С северной стороны находился придел в память Страшного Суда, а с южной, теплый придел во имя Димитрия Прилуцкого. После пожара 1753 года старые деревянные главы были заменены новыми, выполненными в причудливом барочном стиле. В 1950-е годы главы и изразцовый декор церкви были отреставрированы по проекту В.Н. Захаровой. Точная дата создания росписи храма неизвестна, но надпись в алтаре указывает, что храм был освящен митрополитом Ростовским Иоасафом 2 июля 1693 года. Вероятно, роспись была завершена в 1693 году, начавшись годом ранее. Авторство росписи не установлено, но стилистическая неоднородность указывает на участие двух разных художественных артелей. Живопись сводов выполнена в монументальном стиле с яркой цветовой гаммой и, вероятно, принадлежит артели Дмитрия Григорьева Плеханова, известного ярославского мастера. По каким-то причинам эти мастера были отозваны, и работу на стенах завершили другие ярославские художники. В 1800-е годы нижний ярус стенописей был обновлен Семеном Степановым Завязошниковым. В 1860-е годы обновили живопись в алтаре, а в 1950-е годы красочный слой во всем храме был укреплен и промыт В. Брюсовой и А. Рогозиным. Роспись состоит из 320 сюжетных клейм и сохранилась практически полностью. Схема росписи церкви Богоявления отличается от других ярославских ансамблей сдержанностью тематики, ограниченной тремя основными циклами: евангельским, апостольским и литургическим. Из-за отсутствия световых барабанов основную роль в интерьере играет сомкнутый свод, разделенный на четыре части. В каждом из треугольников свода размещены крупные композиции евангельских праздников. В восточном секторе изображена Новозаветная Троица. В центре композиции, фигуры Христа и Саваофа на троне, окруженные белой глорией. Крест Голгофы служит осевым центром иконостаса. Пирамидальная схема повторяется и в росписи трех остальных сводов, посвященных Воскресению, Вознесению и Успению. Центром этих сцен является фигура Христа в золотистой глории. В сцене Воскресения Христос изображен дважды: в Живоносном восстании из гроба и Сошествии во ад. Последняя сцена выделяется оптимистическим звучанием и смелым цветовым решением. Христос стоит на вереях ада и подает руку восстающему Адаму, а архангел Михаил ввергает в ад Сатану. На черном фоне четко выделяются символы рабства греха. Стены церкви разбиты на 9 ярусов, верхний из которых начинается в нижней части сводов, создавая визуальный эффект высоты. Шесть ярусов содержат сюжетные фризы, ширина которых варьируется от 1,2 до 2 м. Седьмой ярус северной и южной стен украшен травным орнаментом, повторяющимся на подоконниках. Далее следуют храмоздательская летопись и традиционный подзор. Живопись стен включает около 100 композиций евангельского цикла, посвященного жизни и страданиям Христа. Евангельские сюжеты занимают шесть верхних ярусов, а в седьмом изображены Страсти Христовы. На оконных откосах размещены сцены проповедей и мученических кончин апостолов. Горизонтальные фризы заходят на оконные арки, которые украшены традиционными эмблемами. В арке западного портала изображен Деисус, в арке северного, Спас на убрусе. На откосах порталов изображены ангелы. Иконографическая схема алтаря включает композиции, такие как "О тебе радуется" и "Се Агнец". На стенах, литургические сцены, а на западной стене, "София премудрость Божия". В зените центрального портала изображена Евхаристия. На западной стене жертвенника, Литургия Григория Богослова. На западной стороне диаконника, сцена Возношения Евангелия. Иконостас в стиле украинского барокко относится к началу XVIII века. Его резной орнамент напоминает виноградные гроздья. Центральная часть украшена фигурами ангелов. Нижний ярус иконостаса был переделан в начале XIX века. Большинство икон для иконостаса были написаны в 1684-1691 годах Семеном Спиридоновым Холмогорцем и его братом Василием. В 1830, 1844 и 1858 годах храм подвергался переделкам. В 1833 году церковь была обнесена каменной оградой. В 1930 году церковь была закрыта и передана Госмузею, а в 1999 году возвращена Русской Православной Церкви.