Точная дата появления отдельного прихода в Утятской слободе неизвестна, но, вероятно, это произошло одновременно с постройкой храма в середине 1690-х годов. До этого жители обращались в Дмитриевскую церковь Царева Городища, которая действовала с 1689 года. Утятский приход впервые упоминается в документах 1710 года, но его состав определить сложно. Вероятно, он включал деревни, находившиеся под управлением слободы: Меньщикова, Предеина, Барабинская, Утятская, Галишева и Шмакова. К 1720 году добавились еще семь деревень: Завьялкова, Вавилкова, Новгородова, Жунева, Собанина и две деревни Серковых.

В 1842 году деревня Ракова была переведена к Покровской церкви села Чесноковского. В 1849 году деревня Шмакова отделилась в самостоятельный приход при новой Михайло-Архангельской церкви. В том же году к ней присоединились деревни Конева, Казанцева и Галаева, а в 1850 году, деревня Степная. В 1853 году деревня Сосновка была перечислена в новый приход при Васильевской церкви села Камышевского.

К 1875 году в Утятском приходе появилась деревня Камышная, расположенная в восьми верстах от церкви, а в 1893 году, деревня Заборская, находящаяся в трех верстах.

В 1923 году деревни Камышная и Галишева выделились в самостоятельные приходы при местных храмах. С 1924 года приход состоял из села Утятского и деревень Новой, Вавилковой, Нагорской, Меньщиковой и Заборской. В таком составе он оставался до 1934 года, когда община прекратила существование.

В 1781-1785 годах на средства прихожан была построена и освящена новая церковь с двумя престолами: Богоявленским в главном холодном храме и Николаевским в теплом приделе. Деревянное здание было довольно большим: длина 11 сажен, ширина 4 сажени, высота около 10 сажен. В храме было шесть дверей и 24 окна, а кресты на куполах, деревянные, обитые белым железом.

Церковь была обнесена деревянным палисадом, который к началу XIX века заменили тесовым забором. Деревянная колокольня, изначально стоявшая отдельно, к 1805 году была пристроена к церкви. На ней размещались шесть колоколов. В главном Богоявленском храме находился иконостас с резными вызолоченными царскими вратами и 24 иконами; в Николаевском приделе иконостас был двухъярусным.

К концу 1820-х годов церковь начала ветшать и осела на северо-западный угол, поэтому в 1835 году ее запечатали и начали строительство каменного храма.

Старая церковь, как еще довольно прочная, стояла до 1848 года, когда ее пожертвовали прихожанам деревни Шмакова для строительства нового храма.

Строительство каменного храма в Утятской слободе началось в 1836 году с благословения архиепископа Тобольского и Сибирского Афанасия. Работы велись на средства прихожан, подрядчиком был крестьянин Харлампий Новожилов. К 1839 году кирпичные работы завершили, к 1840 году церковь покрыли железной крышей, а к 1841 году храм оштукатурили и выбелили. Каменная одноярусная колокольня была построена в одной связи с церковью.

Престолов в церкви было три: в главном храме, Богоявления Господня, в приделе справа, Успения Божией Матери, слева, Николая Чудотворца. Иконостас в Никольском приделе установили к 1842 году, в главном Богоявленском, к 1843 году. Освящение приделов состоялось в 1844 году, а престол в Успенском приделе, в 1845 году.

В 1850 году была устроена деревянная церковная ограда, которая со временем обветшала. С 1897 года началось строительство каменной ограды с железными решетками, завершенное в 1898 году.

Предположительно в 1910-1911 годах иконостасы всех трех приделов были перестроены, обновлены старые и написаны новые иконы, некоторые украшены серебряными позолоченными окладами. К 1915 году церковь и ограда нуждались в капитальном ремонте, но работы не начались из-за военного времени.

В марте 1919 года храм пострадал от снарядов. В северном алтаре был пробит свод, повреждены кровля и глава; в главном храме, южный столб и угол придела; разрушен один из столбов ограды. Южный придел был исправлен к Рождеству 1920 года, тогда же храм изнутри был заново выбелен.

В 1921 году устранили остальные повреждения и выложили кирпичом северное и южное крыльца.

К началу 1920-х годов Богоявленский храм представлял собой каменное одноэтажное здание с четырьмя столбами, покрытое зеленой железной крышей. На крыше располагались четыре главы, обитые белым железом, с вызолоченными крестами.

В здании было 22 окна и три двери. Перед входами находились каменные крыльца с колоннами. Полы были деревянные. Колокольня имела один ярус звона, покрыта зеленым железом, с шестью колоколами, самый большой весил 102 пуда.

Церковь была обнесена каменной оградой с решеткой. На западных углах находились сторожка и кладовая, а в центре, каменные ворота с калитками. В алтаре Богоявленского храма находился деревянный иконостас с золочеными колоннами и резьбой. Иконостасы в Николаевском и Успенском приделах были меньшего размера.

Церковь перестала действовать с 1934 года, официально закрыта в 1937 году. Здание использовалось как склад, а с 1948 года пустовало и разрушалось.

К 1961 году внутреннее убранство было уничтожено, но купола оставались, хотя и в ветхом состоянии. С 1962 года здание вновь использовалось как склад.

В середине 1960-х годов разрушены верхний ярус колокольни и центральный купол. К началу 1990-х годов в церкви размещался клуб, храм уцелел, но многое из его облика было утрачено.

В 1997 году церковь передана общине, начались ремонтные работы, а 19 декабря 1997 года возобновились богослужения.

К началу 2000-х годов храм представлял собой полуразрушенное здание, но установленный купол с крестом свидетельствовал о его церковной функции.

К 2003 году внутри устроены деревянные полы, побелены стены, установлены иконостасы. К 2009 году был установлен иконостас в Никольском приделе, летом оштукатурены внешние стены, устроена деревянная ограда.

Летом 2011 года построена новая каменная ограда с решетками, внутри установлена звонница с девятью колоколами. Планируется восстановление купола и колокольни.

В Богоявленской церкви села Утятского находилась явленная икона Святителя Николая. По преданию, 7 мая 1749 года она была принесена водами Тобола в Утятскую слободу. Первой икону увидела местная жительница Секлетея Кабанова, которая объявила о явлении прихожанам. Икону почитали не только местные жители, но и паломники из Кургана.

После строительства нового храма икона была помещена в Никольском алтаре. В начале 1920-х годов образ находился в киоте с золоченой резьбой. Поклонение иконе ослабевало, а в 1925 году было решено не праздновать престольные праздники.

После закрытия храма икону перенесли в дом жителя Петра Луканина. В 1960 году ее пытались доставить в церковь поселка Рябково, но она была конфискована. Позже икона хранилась в сельсовете и музее.

В 1996 году образ был передан в церковь поселка Смолино. С 2001 года ежегодно 9 июля икону крестным ходом переносили в село Утятское, где служилась литургия и совершался крестный ход к месту явления.

18 декабря 2007 года икона была возвращена в Богоявленский храм, где находится и сейчас.