Село Красное впервые упоминается в исторических документах в 1569 году, когда его владельцем был стольник И.Д. Воронцов, потомок мурзы Чета, который, по легенде, основал Ипатьевский монастырь в Костроме. После включения Костромского уезда в опричные земли всех владельцев, включая Воронцова, выселили из Красного. Село стало дворцовым и управлялось Приказом Большого дворца, а позже перешло к семье Годуновых.

В 1592 году Борис Годунов построил здесь каменную шатровую церковь Богоявления, как указано в клировых ведомостях. Приделы и двухъярусная галерея церкви были построены одновременно с храмом, колокольня появилась в XVII веке, а западный притвор, в XVIII веке. Храм неоднократно перестраивался, и к концу XIX века от его изначального облика остался только шатер.

Церковь закрыли в 1932 году, после чего она использовалась как библиотека, склад, клуб и зернохранилище, что сильно повредило её внутреннее убранство. В 1950-1960 годах И.Ш. Шевелев провел ремонтно-реставрационные работы, восстановив облик храма конца XVII века. В 1990-е годы прошла еще одна реставрация: церковь расписали в духе православной живописи XVI-XVII веков, нижний ярус галереи заложили кирпичом, а верхний застеклили.

В 1990 году церковь вернули Костромской и Галичской епархии, но реставрация, начатая в 1950 году, продолжалась. Полное восстановление завершилось 6 августа 2009 года, когда состоялось великое освящение. Освящение и Божественную литургию провел архиепископ Костромской и Галичский Александр в сослужении духовенства Костромы и Красносельского благочиния. Сейчас настоятелем храма является протоиерей Григорий Ковальский, благочинный Красносельского благочиния.

В конце XIX века рядом с церковью Богоявления на народные средства построили Церковь Святых Апостолов Петра и Павла. Этот архитектурный ансамбль окружили оградой, перед которой стоял памятник императору Александру II. Внутри ограды находилось кладбище. В период гонений на церковь памятник Александру II был разрушен, церковь взорвана, а кладбище разорено.