Единственным сохранившимся зданием древнего монастыря является пятиглавый Богоявленский собор, возведённый в 1701 году. Он стоит на высоком подклете, а массивный четверик церкви окружён с северной и западной сторон широкими галереями, поддерживаемыми мощной аркадой. С востока к собору примыкают апсиды алтарей нижней и верхней церквей, а также Казанского придела, расположенного в северной галерее. С западной стороны над лестницей, ведущей на галереи, возвышается шатровая восьмигранная колокольня на кубическом основании с арками. Размеры Богоявленской церкви составляют 19 м в длину, 13 м в ширину и 32 м в высоту.

По композиции Богоявленский храм напоминает более ранние памятники ярославского зодчества XVII века, такие как Введенский собор Толгского монастыря и Крестовоздвиженский собор Романов-Борисоглебска. Особенностью хопылевской церкви является двухстолпие: своды в интерьере опираются на два столпа вместо четырёх, как это было принято в ярославском зодчестве XVII века. Это решение освободило внутреннее пространство и обеспечило более цельное восприятие интерьера, повлияв также на внешний облик. Сложная система сводов позволила сделать световым только барабан центральной главы, оставив четыре угловые глухими. Чтобы компенсировать недостаток освещения, строители отказались от галереи на южной стороне, добавив здесь дополнительный ярус окон. Фасады церкви оформлены в традициях допетровской эпохи, и каждый фасад отличается своим своеобразием, обусловленным композиционными особенностями. Южная стена, обращённая к Волге и лишённая галереи, выполняет роль парадного фасада и имеет самое богатое декоративное оформление. Широкие лопатки делят фасад на три части, пересекаемые междуэтажным поясом поребрика, при этом восточная часть значительно шире других. Центральная закомара украшена нишей-киотом с килевидным обрамлением, а две другие закомары ранее были расписаны фресками. Богатство фасада дополняют оконные наличники трёх типов: с одним килевидным кокошником, сдвоенными кокошниками и сдвоенными треугольными фронтончиками. Такие наличники использованы и в оформлении алтарных окон восточного фасада, где продолжается междуэтажный пояс поребрика, охватывающий весь периметр здания.