Le seul bâtiment restant de l'ancien monastère est la cathédrale à cinq dômes de l'Épiphanie, érigée en 1701. Elle se dresse sur un haut soubassement, et le massif carré de l'église est entouré au nord et à l'ouest par de larges galeries soutenues par une puissante arcade. À l'est, des absides des autels des églises inférieure et supérieure, ainsi que de la chapelle de Kazan, sont adjacentes à la cathédrale, située dans la galerie nord. Du côté ouest, au-dessus de l'escalier menant aux galeries, s'élève un clocher octogonal à toit en tente sur une base cubique avec des arcs. Les dimensions de l'église de l'Épiphanie sont de 19 m de long, 13 m de large et 32 m de haut.

Par sa composition, le temple de l'Épiphanie rappelle des monuments plus anciens de l'architecture de Yaroslavl du XVIIe siècle, tels que la cathédrale de l'Introduction du monastère de Tolga et la cathédrale de la Croix de Romanov-Borisoglebsk. Une particularité de l'église de Khopylëvo est son double pilier : les voûtes à l'intérieur reposent sur deux piliers au lieu de quatre, comme c'était habituellement le cas dans l'architecture de Yaroslavl au XVIIe siècle. Cette solution a libéré l'espace intérieur et a permis une perception plus cohérente de l'intérieur, influençant également l'apparence extérieure. Le système complexe de voûtes a permis de n'éclairer que le tambour du dôme central, laissant les quatre coins aveugles. Pour compenser le manque de lumière, les bâtisseurs ont renoncé à la galerie du côté sud, ajoutant ici un niveau supplémentaire de fenêtres. Les façades de l'église sont décorées dans les traditions de l'époque pré-pétrovienne, et chaque façade se distingue par son originalité, déterminée par des caractéristiques compositionnelles. Le mur sud, faisant face à la Volga et dépourvu de galerie, sert de façade principale et possède la décoration la plus riche. De larges pilastres divisent la façade en trois parties, traversées par une ceinture entre les étages, la partie est étant significativement plus large que les autres. La partie centrale est ornée d'une niche-kiot avec un encadrement en forme de proue, tandis que les deux autres parties étaient auparavant peintes de fresques. La richesse de la façade est complétée par des encadrements de fenêtres de trois types : avec un kokoshnik en forme de proue, avec des kokoshniks doubles et avec des frontons triangulaires doubles. Ces encadrements sont également utilisés pour décorer les fenêtres de l'autel de la façade est, où se poursuit la ceinture entre les étages, englobant tout le périmètre du bâtiment.