В период с 1524 по 1526 год на месте старого деревянного храма к западу от собора Бориса и Глеба была построена каменная церковь Благовещения. Это одно из немногих сооружений, авторство которого документально связано с талантливым ростовским зодчим Григорием Борисовым.

Церковь имеет кубическую форму и завершена четырехскатной крышей с луковичной главкой, установленной на тонком барабане, украшенном аркатурно-колончатым поясом. Фасады здания разделены легкими лопатками на три части. Изначально в церкви были узкие оконные проемы, подобные тем, что сохранились на торцевой стене трапезной. Внутреннее пространство храма, не имеющее столбов, перекрыто крещатым сводом. Есть предположение, что из-за такой конструкции свода крыша изначально была не четырехскатной, а трехлопастной, как в Вознесенской церкви в Ростове, также построенной в XVI веке. Под современной крышей сохранилась нижняя часть древнего барабана из профильного кирпича, который раньше возвышался над кровлей.

Документы не сохранили сведений о росписи церкви Благовещения, и сейчас её стены белые. Однако в 90-х годах при реставрации были найдены фрагменты живописи, относящиеся к XVII или даже XVI веку. Среди них, часть фигуры Богоматери в позе, характерной для композиции "Благовещение", и фрагмент надписи, подтверждающей изображение этой сцены на стене. Внешний вид церкви значительно изменился после реконструкции конца XVII века: были установлены новые окна, изменены фасады, наращен барабан и изменена форма главы, которая изначально была шлемовидной. Эти изменения подтверждаются монастырскими документами, упоминающими освящение церкви, которое проводилось как при постройке, так и после капитальных перестроек. Церковь Благовещения была впервые освящена 4 октября 1526 года, а последний раз, в 1882 году после значительных ремонтных работ, когда, возможно, были удалены остатки древних фресок. Также церковь освящалась 17 ноября 1696 года, вероятно, после капитальной перестройки.

Храм стоит на высоком подклете, который в XVII-XVIII веках использовался как "братская кладовая". На месте нынешнего входа в подцерковье ранее, вероятно, было широкое окно. Южный фасад здания изменился после появления широких окон, срединная часть лопаток была стесана и обрамлена декоративными наличниками с мелкой кирпичной резьбой, характерной для пристроенного в конце XVII века алтаря. Восьмиугольное окно в средней части южной стены типично для "нарышкинской" архитектуры, распространенной в России в 1690-1710 годах, что указывает на время перестройки здания. С запада к церкви примыкает трапезная палата, квадратная в плане одностолпная постройка с крестовыми сводами.

Вместе с церковью Благовещения и трапезной палатой находится одно из старейших гражданских зданий Борисоглебского монастыря, настоятельские покои, построенные на высоком подклете, что обусловлено рельефом местности. В 2010-2015 годах была проведена реставрация Благовещенского храма и новых настоятельских покоев. В храме восстановили кирпичную кладку стен и сводов, штукатурку, деревянную лестницу, а также объемную и прорезную резьбу столбиков, поручней и балясин. В западном крыльце провели реставрацию кирпичной кладки, восстановили металлическое ограждение лестницы, изготовили и установили керамические изразцы, восстановили доломитовые полы, оконные и дверные проемы, а также металлические решетки и каркас ограды крыльца. В новых настоятельских покоях были усилены потолочные балки, восстановлены кирпичная кладка стен и сводов, штукатурка, лестница и её металлическое ограждение, а также полы.