Архангельский престол в Коломне берет свое начало примерно с середины XIV века. К XVI веку здесь сформировался комплекс из двух храмов: Чуда Архангела Михаила в Хонех и Собора Архистратига Михаила. В это время в стене деревянной крепости Коломны между Маринкиной и Грановитой башнями уже существовали проездные ворота, названные Михайловскими, а слободка у подножия кремля напротив них стала известна как Михайловская, иногда Архангельская. После Смутного времени храм оказался в запустении. В 1700 году на средства прихожан была построена каменная церковь Михаила Архангела с приделом Трёх Святителей. Современный вид храм приобрел после перестройки частей предыдущей каменной церкви. В 1806 году, благодаря коломенским купцам Роману, Авксентию и Якову Колесниковым, была перестроена и увеличена трапезная, где устроены приделы в честь Казанской иконы Божией Матери и Трёх Святителей. В 1828 и 1833 годах те же купцы вместе с братьями Вавилой и Василием Константиновыми провели капитальную перестройку церкви. В холодной части храма был освящён главный престол в честь Собора Архистратига Михаила и прочих Небесных Сил бесплотных, а в трапезной, престолы в честь Казанской иконы Божией Матери, Трёх Святителей и мучениц Веры, Надежды, Любови и их матери Софии. Самой старой частью церкви оставалась колокольня. В 1906 году на средства церковного старосты и благотворителя Иоанна Постникова в трапезной был устроен придел преподобного Серафима Саровского. К началу XX века сформировался комплекс пятипрестольного храма. Три престола, центральный, собора сил Архистратига Михаила и два боковых, Казанской иконы Божией Матери и Трёх Святителей, находились в летнем храме. Еще два располагались в теплой трапезной преподобного Серафима Саровского и мучениц Веры, Надежды, Любови и их матери Софии. Это был самый большой и один из самых богатых храмов в Коломне. В 1930-е годы церковь закрыли, колокольню разрушили. В здании разместили склад, затем контору. В 1936 году здание передали Коломенскому краеведческому музею. В 2006 году администрация города решила перевести музей в другое здание, а в следующем году храм Архистратига Михаила был возвращен Церкви для восстановления и богослужений. На средства Правительства Московской области в 2007 году, к празднованию Дня славянской письменности и культуры, были отреставрированы алтарная часть и четверик храма. За семь месяцев заменили кровлю, крышу алтаря и ротонды покрыли медью, заново изготовили и позолотили крест и купол, оштукатурили фасад, отреставрировали белокаменные украшения и вставили новые окна. Внутренняя реставрация проводилась на средства Московской епархии. За четыре месяца разобрали внутренние перегородки, укрепили и заделали трещины свода, отреставрировали белокаменные полы, оштукатурили стены и полностью заменили систему отопления. В мае 2007 года в храме установили Палехский иконостас, подаренный Высокопреосвященнейшим Ювеналием, митрополитом Коломенским и Крутицким. 28 мая, в день Святого Духа, в храме прошла первая Божественная литургия. В 2008 году полностью восстановили храмовую колокольню. 21 ноября 2008 года храм Архангела Михаила, самый вместительный в Коломне, был торжественно освящён Великим освящением, которое совершил Высокопреосвященнейший Ювеналий, митрополит Коломенский и Крутицкий.