Храм апостола Филиппа и Николая Чудотворца на Нутной улице в Новгороде принадлежит Новгородской епархии Русской православной церкви. Первая каменная церковь на этом месте была построена в 1383-1384 годах посадниками Родиславом Даниловичем, Устином и Филиппом.

Церкви, посвященные Филиппу Апостолу и Николе Чудотворцу, были возведены в 1527-1528 годах новгородскими и московскими купцами. Эти две приходские церкви стояли на общем основании. Со временем они неоднократно перестраивались, и в 1608 году два прихода объединились в один. В XVII веке к церквям была пристроена колокольня с шатровой крышей.

В 1899 году церковь Николы Чудотворца была почти полностью разобрана, сохранились лишь западная стена, следы на стене церкви Филиппа Апостола и остатки фундаментов.

После антирелигиозной кампании Хрущёва эта церковь осталась единственной действующей в городе. Архиепископ Лев Церпицкий вспоминал, что в большие праздники молиться было трудно из-за большого количества собравшихся людей.

После присоединения Новгородской епархии к Ленинградской митрополит Ленинградский Никодим Ротов часто приезжал сюда служить. Он посещал храм на праздник иконы Знамения Божией Матери, день святителя Никиты и несколько раз в Великий пост. Постепенно он стал привозить зарубежные делегации, что вызывало недовольство местных властей. Новгород был закрытым городом, и митрополиту приходилось прилагать усилия, чтобы организовать эти поездки. Со временем к этому привыкли, и появилась возможность установить в храме новый иконостас в древнерусском стиле.

В 1969-1970 годах проводились обмеры и исследования памятника, были раскрыты остатки стен Никольской церкви и составлен проект реставрации. Однако в Москве запретили расширение храма, и митрополит Никодим Ротов почти 10 лет добивался отмены этого решения.

Только после подписания СССР Хельсинкских соглашений в 1977 году начались строительные работы по проекту Н. Н. Кузьминой. Памятник архитектуры был восстановлен в формах XVI века с сохранением западной паперти и колокольни XVIII века.