El templo del apóstol Felipe y de san Nicolás el Milagroso en la calle Nutnaya en Nóvgorod pertenece a la diócesis de Nóvgorod de la Iglesia ortodoxa rusa. La primera iglesia de piedra en este lugar fue construida en 1383-1384 por los posadniks Rodislav Danilovich, Ustin y Felipe.

Las iglesias dedicadas al apóstol Felipe y a san Nicolás el Milagroso fueron erigidas en 1527-1528 por comerciantes de Nóvgorod y Moscú. Estas dos iglesias parroquiales estaban sobre una base común. Con el tiempo, fueron remodeladas en varias ocasiones, y en 1608 las dos parroquias se unieron en una sola. En el siglo XVII, se añadió un campanario con techo a cuatro aguas a las iglesias.

En 1899, la iglesia de san Nicolás el Milagroso fue casi completamente desmantelada, quedando solo la pared occidental, las huellas en la pared de la iglesia del apóstol Felipe y los restos de los cimientos.

Después de la campaña antirreligiosa de Jruschov, esta iglesia se mantuvo como la única en funcionamiento en la ciudad. El arzobispo Lev Tserpitsky recordaba que en grandes festividades era difícil rezar debido a la gran cantidad de personas reunidas.

Tras la incorporación de la diócesis de Nóvgorod a la metrópoli de Leningrado, el metropolitano de Leningrado, Nikodim Rotov, venía a oficiar con frecuencia. Visitaba el templo en la festividad del ícono de la Señal de la Madre de Dios, el día de san Nikita y varias veces durante la Gran Cuaresma. Poco a poco comenzó a traer delegaciones extranjeras, lo que causó descontento entre las autoridades locales. Nóvgorod era una ciudad cerrada, y el metropolitano tuvo que esforzarse para organizar estos viajes. Con el tiempo, se acostumbraron a ello, y surgió la posibilidad de instalar un nuevo iconostasio en el templo en estilo ruso antiguo.

En 1969-1970 se realizaron mediciones e investigaciones del monumento, se descubrieron los restos de las paredes de la iglesia de Nicolás y se elaboró un proyecto de restauración. Sin embargo, en Moscú se prohibió la ampliación del templo, y el metropolitano Nikodim Rotov luchó durante casi 10 años para anular esta decisión.

Solo después de la firma de los Acuerdos de Helsinki por la URSS en 1977 comenzaron los trabajos de construcción según el proyecto de N. N. Kuzmina. El monumento arquitectónico fue restaurado en formas del siglo XVI, conservando la pórtico occidental y el campanario del siglo XVIII.