История храма священномученика Антипия на Колымажном дворе берет свое начало в XVI веке. Каменная церковь была возведена в Конюшенной слободе около 1530 года. Название храма связано с его расположением: «у больших конюшен», «что в Чертолье», «что у Государевых больших конюшен».

Церковь Антипия примечательна наличием двух алтарей: одного во имя священномученика Антипы и малого алтаря во имя святого Григория Декаполита. По преданию, малый алтарь был построен Григорием Лукьяновичем Бельским, известным как Малюта Скуратов, чей двор находился неподалеку.

Святой Антипий известен как целитель, помогающий при зубной боли. Это единственный в Москве храм, посвященный Антипию, который привлекал множество москвичей, страдающих от зубной боли. Сюда приходили молиться люди из разных сословий и частей города. Среди прихожан были Лопухины, Апраксины, Оболенские, а в начале XX века, художник Валентин Серов, живший неподалеку.

В XVIII веке к храму были пристроены приделы святого Николая Чудотворца (в 1722 году), великомученицы Екатерины (в 1773 году) и Рождества Иоанна Предтечи (в 1798 году).

В 1912 году напротив церкви открылся Музей изящных искусств императора Александра III, и с тех пор судьбы музея и храма тесно переплелись.

После революции, в 1929 году, церковь была закрыта, а здание передано Центральным художественным курсам Ассоциации художников революции. Оно долгое время использовалось как общежитие, а затем в нем разместились реставрационные мастерские и отдел хранения ГМИИ им. Пушкина.

В советский период здание не ремонтировалось и находилось в плохом состоянии. В 1950-х годах были разрушены купол и глава южного придела святого Николая.

В 1960-х годах началась реставрация церкви под руководством архитектора Л.А. Давида. Планировалось снести все части, появившиеся в XVII-XIX веках, но этому воспротивился Музей им. А.С. Пушкина, который арендовал здание.

В 1990-х годах была начата еще одна реставрация. В 1991 году образовалась церковная община, но только в 2005 году храм удалось передать Русской православной церкви.