L'histoire de l'église du saint martyr Antipius sur la cour Kolymazhny commence au XVIe siècle. L'église en pierre a été construite dans le quartier de Konyushennaya vers 1530. Le nom de l'église est lié à son emplacement : « près des grandes écuries », « à Tchertolye », « près des grandes écuries du Tsar ».

L'église d'Antipius se distingue par la présence de deux autels : un au nom du saint martyr Antipius et un petit autel au nom de saint Grégoire le Décapolite. Selon la légende, le petit autel a été construit par Grigori Lukyanovich Belsky, connu sous le nom de Malyuta Skuratov, dont la cour se trouvait à proximité.

Saint Antipius est connu comme guérisseur, aidant en cas de douleur dentaire. C'est la seule église à Moscou dédiée à Antipius, qui attirait de nombreux Moscovites souffrant de douleurs dentaires. Des gens de différentes classes et parties de la ville venaient prier ici. Parmi les paroissiens se trouvaient les Lopukhins, les Apraxins, les Obolenskys, et au début du XXe siècle, l'artiste Valentin Serov, qui vivait à proximité.

Au XVIIIe siècle, des chapelles ont été ajoutées à l'église : celle de saint Nicolas le Miracle-Faire (en 1722), celle de la grande martyre Catherine (en 1773) et celle de la Nativité de Jean Baptiste (en 1798).

En 1912, le Musée des beaux-arts de l'empereur Alexandre III a ouvert en face de l'église, et depuis lors, les destins du musée et de l'église se sont étroitement entrelacés.

Après la révolution, en 1929, l'église a été fermée et le bâtiment a été transféré aux Cours artistiques centrales de l'Association des artistes de la révolution. Il a longtemps été utilisé comme dortoir, puis il a abrité des ateliers de restauration et le département de stockage du Musée Pouchkine.

Pendant la période soviétique, le bâtiment n'a pas été rénové et était en mauvais état. Dans les années 1950, le dôme et la tête de la chapelle sud de saint Nicolas ont été détruits.

Dans les années 1960, la restauration de l'église a commencé sous la direction de l'architecte L.A. David. Il était prévu de démolir toutes les parties apparues aux XVIIe-XIXe siècles, mais cela a été contesté par le Musée A.S. Pouchkine, qui louait le bâtiment.

Dans les années 1990, une nouvelle restauration a été entamée. En 1991, une communauté paroissiale a été formée, mais ce n'est qu'en 2005 que l'église a pu être transférée à l'Église orthodoxe russe.