La historia del templo del santo mártir Antipio en el patio Kolymazhny se remonta al siglo XVI. La iglesia de piedra fue construida en la aldea de Konushennaya alrededor de 1530. El nombre del templo está relacionado con su ubicación: "junto a los grandes establos", "en Chertolye", "cerca de los grandes establos del Estado".

La iglesia de Antipio es notable por tener dos altares: uno en honor al santo mártir Antipio y un pequeño altar en honor a San Gregorio de Decápolis. Según la tradición, el pequeño altar fue construido por Grigori Lukyanovich Belsky, conocido como Malyuta Skuratov, cuyo patio estaba cerca.

El santo Antipio es conocido como sanador, ayudando con el dolor de muelas. Esta es la única iglesia en Moscú dedicada a Antipio, que atraía a muchos moscovitas que sufrían de dolor de muelas. Aquí venían a rezar personas de diferentes clases y partes de la ciudad. Entre los feligreses estaban los Lopukhins, los Apraksins, los Obolenskys, y a principios del siglo XX, el artista Valentin Serov, que vivía cerca.

En el siglo XVIII, se añadieron capillas al templo: la de San Nicolás el Milagroso (en 1722), la de la gran mártir Catalina (en 1773) y la de la Natividad de Juan Bautista (en 1798).

En 1912, frente a la iglesia se inauguró el Museo de Bellas Artes del emperador Alejandro III, y desde entonces, los destinos del museo y del templo se entrelazaron estrechamente.

Después de la revolución, en 1929, la iglesia fue cerrada y el edificio fue entregado a los Cursos de Arte Centrales de la Asociación de Artistas de la Revolución. Durante mucho tiempo se utilizó como residencia estudiantil, y luego se instalaron en él talleres de restauración y el departamento de almacenamiento del Museo Estatal de Bellas Artes Pushkin.

Durante el período soviético, el edificio no fue reparado y se encontraba en mal estado. En la década de 1950, se destruyeron la cúpula y la parte superior de la capilla sur de San Nicolás.

En la década de 1960, comenzó la restauración de la iglesia bajo la dirección del arquitecto L.A. David. Se planeaba demoler todas las partes que aparecieron en los siglos XVII-XIX, pero esto fue rechazado por el Museo A.S. Pushkin, que alquilaba el edificio.

En la década de 1990, se inició otra restauración. En 1991 se formó una comunidad religiosa, pero solo en 2005 se logró transferir el templo a la Iglesia Ortodoxa Rusa.