Храм, посвященный святому благоверному князю Александру Невскому, расположен на южной стороне монастыря. Согласно историческим данным, настоятель иеромонах Геннадий получил благословение на строительство больницы с церковью в честь князя Александра Невского в 1810 году. Строительство завершилось в 1816 году, а освящение храма состоялось в 1817 году.

Известный историк и краевед С.Б. Бахмустов отмечает, что Александро-Невская церковь была частью комплекса и занимала подчиненное положение, как бы дополняя Спасо-Преображенский собор, который находился в центре ансамбля. Южная сторона комплекса начиналась с башни или павильона, к которому примыкал ныне утраченный келейный корпус. Далее линия продолжалась вытянутой Александро-Невской церковью, куб и купол которой завершали эту часть периметра и гармонировали с угловыми башнями. Архитекторы задумывали, чтобы храм не выделялся среди других зданий: монастырь имел только две высотные доминанты, собор и колокольню, а остальные строения должны были создавать одухотворенный ландшафт.

В советское время храм был почти полностью перестроен и уравнен с келейными корпусами: были снесены глава, треугольные фронтоны и купол. В здании устроили клуб, заложили некоторые оконные проемы, другие расширили. Фрески, иконостас и иконы уничтожили. Перегородки, разделявшие неф на больничные кельи и отделявшие лекарское отделение от храма, были снесены. Сохранились лишь следы рустовки на фасадах и полукруглая апсида.

Верующие добились возвращения святыни в 1992-1993 годах, но реконструкция началась только в 2004 году. В результате обширных восстановительных работ Александро-Невская церковь обрела завершенный вид. Была восстановлена надстройка храма с золотой маковкой, кровля и частично отделан фасад. Белоснежные стены, нуждающиеся в росписи, новый пол, высокий купол, царские врата, иконы и церковная утварь вернули внутреннему убранству храма прежнее великолепие.

4 апреля 2010 года, в день Воскресения Христова, после ремонта в храме возобновились службы, а в 2011 году начались работы по пристройке утраченных пономарских и послушнических корпусов.