Деревня Рагуново когда-то находилась на одноименном острове в центре озера. Никольская часовня в этой бывшей деревне была построена примерно в начале XIX века. Первоначально она состояла из основного сруба и небольших сеней. В молитвенном помещении было два одинаковых окна с трехкосящатой конструкцией, расположенных на северной и южной сторонах, которые сохранились в первоначальном виде. Сени не имели окон и освещались только через приоткрытую дверь. Основное помещение и сени были покрыты общей рубленой крышей. Изначально кровля была традиционной, о чем свидетельствуют следы от двух куриц на верхних венцах. Часовня, вероятно, завершалась простым крестом. Судя по отсутствию следов на западной стене, крыльца не было.

Во время второго этапа строительства стены часовни обшили широкими досками с профилированным краем, прибитыми коваными гвоздями. Это, вероятно, произошло в 1880 году, что подтверждается надписью на сохранившемся наличнике дверного проема. В это же время, скорее всего, кровля была заменена на простую тесовую, также закрепленную коваными гвоздями. Возможно, было добавлено крыльцо, так как в поздней пристройке нашли резной столб, использованный повторно. Облик часовни на этом этапе оставляет много вопросов.

На последнем этапе строительства в начале XX века сени расширили, выпилив западную стену и добавив каркасную пристройку. В южной стене пристройки сделали окно. Новый вход был оформлен широким проемом с лучковой верхней перемычкой и двухстворчатыми дверями. Перед входом появилось открытое крыльцо с тонкими резными столбиками и двухскатной крышей. Вероятно, на этом этапе появилась и главка. Часовня была окружена оградой, которая не сохранилась, но видна на старой фотографии. Ее местоположение можно определить по вросшим в землю валунам.

В 2011-2013 годах Никольская часовня была отреставрирована. Финансирование работ в основном обеспечивал В.И. Егоров. Организационные вопросы и заготовку материалов взяли на себя Национальный парк и лично заместитель директора В.М. Гудым. Работы выполняли плотники из города Онега: В.И. Казаков, С.В. Головченко, В.И. Рогачев, а также местный житель В. Белый.