La aldea de Ragunovo solía estar en una isla homónima en el centro del lago. La capilla de Nicolás en esta antigua aldea fue construida aproximadamente a principios del siglo XIX. Originalmente consistía en un tronco principal y un pequeño vestíbulo. En el espacio de oración había dos ventanas idénticas con una estructura de tres marcos, ubicadas en los lados norte y sur, que se han conservado en su forma original. El vestíbulo no tenía ventanas y se iluminaba solo a través de una puerta entreabierta. El espacio principal y el vestíbulo estaban cubiertos por un techo de troncos común. Inicialmente, el techo era tradicional, como lo demuestran las marcas de dos gallinas en las vigas superiores. La capilla probablemente terminaba con una simple cruz. A juzgar por la ausencia de marcas en la pared occidental, no había porche.

Durante la segunda etapa de construcción, las paredes de la capilla fueron revestidas con tablones anchos de borde perfilado, clavados con clavos forjados. Esto probablemente ocurrió en 1880, lo que se confirma por la inscripción en el marco de la puerta que se ha conservado. En este mismo tiempo, es probable que el techo fuera reemplazado por uno simple de tablones, también fijado con clavos forjados. Es posible que se añadiera un porche, ya que en una adición posterior se encontró un pilar tallado que fue reutilizado. La apariencia de la capilla en esta etapa deja muchas preguntas.

En la última etapa de construcción, a principios del siglo XX, se amplió el vestíbulo, cortando la pared occidental y añadiendo una adición de marco. En la pared sur de la adición se hizo una ventana. La nueva entrada fue decorada con un amplio vano con un dintel de arco y puertas de dos hojas. Frente a la entrada apareció un porche abierto con delgados pilares tallados y un techo a dos aguas. Probablemente, en esta etapa también apareció la cúpula. La capilla estaba rodeada por una cerca, que no se ha conservado, pero es visible en una antigua fotografía. Su ubicación se puede determinar por las piedras grandes que han crecido en la tierra.

Entre 2011 y 2013, la capilla de Nicolás fue restaurada. El financiamiento de los trabajos fue principalmente proporcionado por V.I. Egorov. Las cuestiones organizativas y la preparación de materiales fueron asumidas por el Parque Nacional y personalmente por el subdirector V.M. Gudy. Los trabajos fueron realizados por carpinteros de la ciudad de Onega: V.I. Kazakov, S.V. Golovchenko, V.I. Rogachev, así como el residente local V. Bely.