Согласно указу императрицы Екатерины II от 1771 года, захоронения у приходских церквей в городской черте были запрещены, и было предписано создавать кладбища за пределами города. В 1775 году было открыто Петропавловское кладбище с каменной церковью, которая сохранилась до наших дней. В 1891 году по проекту архитектора Федора Васильевича Рыбинского была возведена каменная ограда с двумя часовнями. Они были посвящены Святителю Николаю в честь спасения наследника престола Николая Александровича в Японии и Преподобному Сергию.

Согласно книге протоиерея Олега Пэнэжко "Храмы и монастыри города Коломны", в конце 1960-х и начале 1970-х годов кладбище было окончательно ликвидировано. Место, где покоились многие известные жители Коломны, включая родственников святителя Филарета Дроздова, было сровнено с землей. В 1970-е годы были снесены несколько архитектурных памятников кладбищенского комплекса, включая двухэтажный дом причта и богадельню XVIII века, а также одну из трех часовен ограды.

Православная община храма Петра и Павла была зарегистрирована в 1997 году. В 2003 году общине передали две сохранившиеся часовни, посвященные святителю Николаю Мирликийскому Чудотворцу и преподобному Сергию Радонежскому, где стали регулярно проводиться молебны и панихиды.