Laut dem Erlass von Kaiserin Katharina II. aus dem Jahr 1771 waren Beisetzungen bei den Gemeindekirchen innerhalb der Stadtgrenzen verboten, und es wurde angeordnet, Friedhöfe außerhalb der Stadt zu schaffen. 1775 wurde der Peter-Paul-Friedhof mit einer Steinkirche eröffnet, die bis heute erhalten geblieben ist. 1891 wurde nach dem Entwurf des Architekten Fjodor Wasiljewitsch Rybinski eine steinerne Umfriedung mit zwei Kapellen errichtet. Diese waren dem Heiligen Nikolaus gewidmet, zum Gedenken an die Rettung des Thronfolgers Nikolai Alexandrowitsch in Japan, und dem Heiligen Sergius.

Laut dem Buch des Protopresbyters Oleg Peneschko "Tempel und Klöster der Stadt Kolomna" wurde der Friedhof Ende der 1960er und Anfang der 1970er Jahre endgültig aufgelöst. Der Ort, an dem viele bekannte Bürger Kolomnas, einschließlich der Verwandten des Heiligen Filaret Drozdov, ruhen, wurde eingeebnet. In den 1970er Jahren wurden mehrere architektonische Denkmäler des Friedhofskomplexes abgerissen, darunter das zweigeschossige Pfarrhaus und das Waisenhaus aus dem 18. Jahrhundert sowie eine der drei Kapellen der Umfriedung.

Die orthodoxe Gemeinde der Kirche von Peter und Paul wurde 1997 registriert. Im Jahr 2003 wurden der Gemeinde zwei erhaltene Kapellen übergeben, die dem Heiligen Nikolaus von Myra und dem Heiligen Sergius von Radonesch gewidmet sind, in denen regelmäßig Gottesdienste und Seelenmessen abgehalten werden.