Según el decreto de la emperatriz Catalina II de 1771, se prohibieron los entierros en las iglesias parroquiales dentro de la ciudad, y se ordenó crear cementerios fuera de la misma. En 1775 se abrió el cementerio de Pedro y Pablo con una iglesia de piedra, que ha perdurado hasta nuestros días. En 1891, según el proyecto del arquitecto Fiódor Vasílievich Rybinski, se construyó un muro de piedra con dos capillas. Estas estaban dedicadas al Santo Nicolás en honor a la salvación del heredero al trono Nicolás Alexandrovich en Japón y al Santo Sergio.

Según el libro del protoiereo Oleg Pénézhko "Iglesias y monasterios de la ciudad de Kolomna", a finales de los años 60 y principios de los 70, el cementerio fue finalmente liquidado. El lugar donde descansaban muchos habitantes conocidos de Kolomna, incluidos los parientes del santo Filaret Drozdov, fue nivelado. En los años 70, se demolieron varios monumentos arquitectónicos del complejo del cementerio, incluyendo una casa de dos pisos del clero y un asilo del siglo XVIII, así como una de las tres capillas del muro.

La comunidad ortodoxa de la iglesia de Pedro y Pablo fue registrada en 1997. En 2003, se transfirieron a la comunidad las dos capillas restantes, dedicadas al santo Nicolás de Mira y al santo Sergio de Radonezh, donde comenzaron a celebrarse regularmente moliebens y panijidas.