Selon le décret de l'impératrice Catherine II de 1771, les inhumations près des églises paroissiales en milieu urbain étaient interdites, et il a été prescrit de créer des cimetières en dehors de la ville. En 1775, le cimetière de Pierre et Paul a été ouvert avec une église en pierre, qui a été préservée jusqu'à nos jours. En 1891, sur le projet de l'architecte Fiodor Vassilievitch Rybin, une clôture en pierre avec deux chapelles a été érigée. Elles étaient dédiées à Saint Nicolas en l'honneur du sauvetage de l'héritier du trône Nicolas Alexandrovitch au Japon et au Vénérable Sergius.

Selon le livre du protoïérei Oleg Pénéjko "Églises et monastères de la ville de Kolomna", à la fin des années 1960 et au début des années 1970, le cimetière a été définitivement liquidé. L'endroit où reposaient de nombreux habitants célèbres de Kolomna, y compris des membres de la famille du saint Filaret Drozdov, a été nivelé. Dans les années 1970, plusieurs monuments architecturaux du complexe funéraire ont été démolis, y compris la maison à deux étages du clergé et l'hospice du XVIIIe siècle, ainsi qu'une des trois chapelles de la clôture.

La communauté orthodoxe de l'église de Pierre et Paul a été enregistrée en 1997. En 2003, la communauté a reçu deux chapelles préservées, dédiées à Saint Nicolas de Myre le Miracleux et au Vénérable Sergius de Radonège, où des offices et des panikhides ont commencé à être régulièrement célébrés.