Братья Лихуды, происходящие с греческого острова Кефалония и являющиеся потомками византийского княжеского рода, были православными монахами и выпускниками Падуанского университета с докторскими степенями. Иоанникий и Софроний стали первыми преподавателями Славяно-Греко-Латинской академии, первого официального высшего учебного заведения в Русском государстве. Они прибыли в Москву 6 марта 1685 года и начали преподавать в Богоявленском монастыре, где изначально обучали шестерых учеников. В 1687 году их школа была преобразована в Славяно-Греко-Латинскую академию.

Академия располагалась в Заиконоспасском монастыре на Никольской улице, построенном по указу царя Алексея Михайловича и обещанию боярина Федора Волконского в 1660 году. В 1701 году собор был перестроен архитектором Иваном Зарудным и стал трехэтажным каменным памятником в стиле петровского барокко. Над воротами была надпись «Славяно-Греко-Латинская академия», а выше, картина с горящей свечой и надписью «Non mihi sed aliis» («Не для меня, но для других»). При академии работала типография.

Изначально в академии обучались 30 человек, но к Рождеству 1687 года их число увеличилось до 76, а к Пасхе 1688 года, до 64. Обучение велось на греческом и славянском языках, преподавались риторика, диалектика, логика, физика, грамматика и пиитика. Также изучалось типографское искусство. Среди выпускников академии были такие известные деятели, как М.В. Ломоносов, Л.Ф. Магницкий, В.К. Тредиаковский и другие.

В 1694 году братья Лихуды были отстранены от преподавания из-за обвинений в ереси и переселены в московскую типографию. С 1697 года по указу Петра I они обучали итальянскому языку. В 1698 году, вновь обвиненные в распространении католичества, они были отправлены в Новоспасский монастырь, а затем в 1704 году, в Ипатьевский монастырь в Костроме.

После долгих лет скитаний братья занялись развитием Славяно-Греко-Латинской школы в Новгороде, где обучалось до 153 учеников. В 1707 году Софроний вернулся в Москву, а Иоанникий оставался в Новгороде до 1716 года, после чего также вернулся в Москву для работы над исправлением славянского перевода Библии.

Братья Лихуды внесли значительный вклад в развитие русского духовного просвещения. Они создали учебники по различным дисциплинам, писали литературные труды и переводы, а также пересмотрели славянский текст Ветхого Завета. Среди их учеников были будущие профессора и начальники академии, такие как Фёдор Поликарпов, Николай Семёнов и другие.

В 2007 году 31 мая в Москве в Богоявленском переулке перед алтарём Богоявленского монастыря был установлен бронзовый памятник в честь братьев Иоанникия и Софрония.