Богоявленский монастырь был основан в конце XIV века великой княгиней Евдокией, супругой Дмитрия Донского, принявшей постриг под именем Евфросиния. Монастырь располагался в северо-западной части кремля. 20 ноября 1591 года здесь постриглась в монахини царица Мария Федоровна Нагая, мать царевича Дмитрия. В то время монастырь был деревянным и имел два храма: Богоявленский и Смоленский.

В 1609 году монастырь был сожжен поляками, при этом погибла игуменья Анастасия и пять сестер. В 1629 году монастырь был восстановлен на прежнем месте при участии инокини Марфы, матери царя Михаила Федоровича. Великая старица подарила монастырю деньги, села, пустыни и мельницы.

В 1661 году игуменья Пелагея обратилась к царю Алексею Михайловичу с просьбой о переносе монастыря на пустующие земли Ростовского Архиерейского дома, и получила разрешение. К 1670-м годам на новом месте уже стояли деревянные церкви в честь Богоявления Господня и иконы Божией Матери «Страстная».

26 сентября 1677 года деревянная церковь Богоявления сгорела от удара молнии. В 1689 году митрополит Ростовский Иона Сысоевич выдал грамоту на строительство нового каменного храма. В 1700 году местные строители возвели пятиглавую церковь Богоявления Господня с трапезной и колокольней, которая была снесена в 1834 году. Главный престол был освящен в честь Богоявления Господня, а придельный, в честь Смоленской иконы Божией Матери. В подклете храма освятили еще два престола: в честь апостолов Иоанна Богослова и Андрея Первозванного, а в 1775 году, в честь Иоанна Милостивого и святителя Димитрия, митрополита Ростовского.

В 1846 году нижние престолы храма были упразднены, и помещения заняты больницей. В 1853 году, после освящения нового Богоявленского собора, церковь Богоявления была упразднена и переосвящена в честь Смоленской иконы Божией Матери. Смоленский придел бывшей Богоявленской церкви был переустроен на средства Ивана Аркадьевича Зимина и освящен в честь Воздвижения Креста Господня. В нем был установлен крест с частицей мощей более шестидесяти святых, включая князя Дмитрия. Интерьер основного храма был обновлен, стены и своды расписаны сценами с изображением чудес Смоленской Богоматери. Старый иконостас заменили новым, трехъярусным. С севера к паперти-галерее пристроили крыльцо.

Особое почитание получила икона «Благовещение», написанная в 1696 году царским изографом И.М. Бобылевым и подаренная храму старцем Пахомием.

В память о Федоровской иконе Божией Матери, подаренной монастырю инокиней Марфой, 21 мая 1805 года была заложена одноименная каменная пятиглавая церковь, завершенная в 1818 году. В 1822-1824 годах Тимофей Медведев расписал интерьер храма, и был установлен иконостас в виде венца. В 1826-1837 годах была пристроена паперть и колокольня, разобранная в 1850-х годах. В 1862 году храм обновили, установив новый, пятиярусный иконостас, а стены расписали изображениями чудес от Федоровской иконы. Живописные работы выполнил Егор Дьяконов. В 1890 году был заказан колокол весом 500 пудов.

Строительство нового Богоявленского собора по проекту К.Н. Тона началось 19 октября 1843 года. В октябре 1853 года были освящены три престола: в честь Богоявления Господня, Толгской иконы Божией Матери и святителя Николая. Собор был точной копией церкви Святой Екатерины в Петербурге. В 1870-е годы Д.Г. Буренин с сыном Павлом выполнили настенную роспись. В 1881 году храм частично отремонтировали, а в 1904-1906 годах провели капитальный ремонт. В подклете под алтарем Толгского престола была устроена часовня для хранения иконы «Недремлющее око».

В Богоявленском соборе особенно почитались список с Толгского образа, икона Николая Чудотворца и гробница с частичками мощей Иоанна Милостивого.

В 1887 году в одной из башен монастырской ограды была освящена церковь во имя иконы Божией Матери «Достойно есть», устроенная на средства благодетелей.

Монастырь был закрыт в 1930-е годы, а его храмы использовались как склады. В 1970-1980-е годы в Смоленской и Федоровской церквах была проведена реставрация под руководством архитектора С.Е. Новикова. В 1976 году Смоленский храм передали Угличскому историческо-художественному музею, а в 1992 году, Федоровский. В 2000 году Богоявленский собор был передан Русской Православной Церкви. В октябре 2010 года монастырь был вновь открыт, началось восстановление утраченной святыни.