Первое упоминание о мужском монастыре в слободе Мстёра датируется 1628-1629 годами. Он находился на территории, принадлежащей князьям Ромодановским. В XVII веке рядом располагался Ивановский женский монастырь с церквями Иоанна Милостивого и Филиппа Митрополита.

В 1683 году деревянная Богоявленская церковь монастыря обветшала, и князья Фёдор, Андрей и Михаил Ромодановские, получив разрешение от митрополита Суздальского Илариона, построили пятиглавый каменный храм Богоявления, освящённый в 1687-1688 годах. Здесь же была создана усыпальница князей Ромодановских.

Владимирская церковь монастыря впервые упоминается в 1734 году. Колокольня, о которой известно с 1710 года, имела пять колоколов и боевые часы.

7 июня 1869 года у Владимирской церкви был заложен придел Александра Невского. В октябре 1873 года ураган повредил шпиль колокольни, что стало причиной капитального ремонта, после которого здание было полностью перестроено.

В начале 1930-х годов, после закрытия монастыря, здесь разместился музей живописи, церковной и фольклорной старины. В 1953 и 1973 годах Богоявленский храм использовался как склад.

24 сентября 1999 года, по благословению архиепископа Владимирского и Суздальского Евлогия, Богоявленский мужской монастырь был возрождён. Образовалась община из четырёх человек, настоятелем стал игумен Илья Иванов, которого позже сменил иеромонах Сергий Титов. В сентябре 2007 года, после перевода иеромонаха Сергия Титова в Зосимову пустынь, настоятелем был назначен иеромонах Авраамий Лукиянчук, возведённый в сан игумена в 2008 году.