La primera mención del monasterio masculino en la aldea de Mstera data de 1628-1629. Se encontraba en un territorio perteneciente a los príncipes Romodanovsky. En el siglo XVII, cerca se ubicaba el monasterio femenino de Ivanovsky con las iglesias de Juan el Misericordioso y Felipe el Metropolitano.

En 1683, la iglesia de madera de Bogoyavlensky del monasterio se deterioró, y los príncipes Fyodor, Andrey y Mikhail Romodanovsky, tras obtener permiso del metropolitano de Suzdal, Ilarion, construyeron un templo de piedra de cinco cúpulas dedicado a la Epifanía, consagrado en 1687-1688. Aquí también se creó la cripta de los príncipes Romodanovsky.

La iglesia de Vladimir del monasterio se menciona por primera vez en 1734. La campanario, conocida desde 1710, tenía cinco campanas y un reloj de campana.

El 7 de junio de 1869 se colocó el altar de Alejandro Nevski junto a la iglesia de Vladimir. En octubre de 1873, un huracán dañó la aguja del campanario, lo que llevó a una renovación importante, tras la cual el edificio fue completamente reconstruido.

A principios de la década de 1930, tras el cierre del monasterio, se estableció aquí un museo de pintura, antigüedades eclesiásticas y folclóricas. En 1953 y 1973, la iglesia de Bogoyavlensky se utilizó como almacén.

El 24 de septiembre de 1999, con la bendición del arzobispo de Vladimir y Suzdal, Evlogio, el monasterio masculino de Bogoyavlensky fue renovado. Se formó una comunidad de cuatro personas, siendo el superior el igumen Ilya Ivanov, quien más tarde fue sucedido por el ieromonje Sergiy Titov. En septiembre de 2007, tras el traslado del ieromonje Sergiy Titov al desierto de Zosimov, fue nombrado superior el ieromonje Avraamiy Lukiyanchuk, elevado al rango de igumen en 2008.