La première mention du monastère masculin dans le village de Mstiora date des années 1628-1629. Il se trouvait sur un territoire appartenant aux princes Romodanovski. Au XVIIe siècle, à proximité se trouvait le monastère féminin d'Ivanovo avec les églises de Jean le Miséricordieux et de Philippe le Métropolite.

En 1683, l'église en bois de Bogoyavlensky du monastère était en ruine, et les princes Fiodor, Andreï et Mikhaïl Romodanovski, ayant obtenu la permission de l'archevêque d'Ivanovo Ilariyon, construisirent un temple en pierre à cinq coupoles dédié à l'Épiphanie, consacré en 1687-1688. Une sépulture pour les princes Romodanovski y fut également créée.

L'église de Vladimir du monastère est mentionnée pour la première fois en 1734. Le clocher, connu depuis 1710, avait cinq cloches et une horloge de carillon.

Le 7 juin 1869, un autel dédié à Alexandre Nevski a été posé près de l'église de Vladimir. En octobre 1873, un ouragan a endommagé le clocher, ce qui a entraîné des réparations majeures, après lesquelles le bâtiment a été complètement reconstruit.

Au début des années 1930, après la fermeture du monastère, un musée de peinture, d'antiquités ecclésiastiques et de folklore y a été installé. En 1953 et 1973, le temple de Bogoyavlensky a été utilisé comme entrepôt.

Le 24 septembre 1999, avec la bénédiction de l'archevêque de Vladimir et Souzdal, Evlogiy, le monastère masculin de Bogoyavlensky a été restauré. Une communauté de quatre personnes a été formée, avec l'igoumène Ilia Ivanov comme supérieur, qui a ensuite été remplacé par l'hiéromoine Sergiy Titov. En septembre 2007, après le transfert de l'hiéromoine Sergiy Titov au désert de Zosimov, l'hiéromoine Avraamiy Lukiyanchuk a été nommé supérieur, élevé au rang d'igoumène en 2008.