Die erste Erwähnung des Männerklosters in der Siedlung Mstjora datiert auf die Jahre 1628-1629. Es befand sich auf dem Gebiet, das den Fürsten Romodanowskij gehörte. Im 17. Jahrhundert lag in der Nähe das Ivanowski Frauenkloster mit den Kirchen des heiligen Johannes des Mildtätigen und des Metropoliten Philipp.

Im Jahr 1683 war die hölzerne Bogojaweńska Kirche des Klosters baufällig, und die Fürsten Fjodor, Andrei und Michail Romodanowskij, erhielten die Erlaubnis des Metropoliten von Susdal, Ilarion, einen fünfkuppeligen Steinkirche zu bauen, die 1687-1688 geweiht wurde. Hier wurde auch die Grabstätte der Fürsten Romodanowskij geschaffen.

Die Wladimirskaja Kirche des Klosters wird erstmals im Jahr 1734 erwähnt. Der Glockenturm, der seit 1710 bekannt ist, hatte fünf Glocken und Schlaguhren.

Am 7. Juni 1869 wurde an der Wladimirskaja Kirche das Altar des heiligen Alexander Newski eingeweiht. Im Oktober 1873 beschädigte ein Sturm den Turm des Glockenturms, was zu einer umfassenden Renovierung führte, nach der das Gebäude vollständig umgebaut wurde.

Zu Beginn der 1930er Jahre, nach der Schließung des Klosters, wurde hier ein Museum für Malerei, kirchliche und folkloristische Antiquitäten eingerichtet. In den Jahren 1953 und 1973 wurde die Bogojaweńska Kirche als Lager genutzt.

Am 24. September 1999 wurde das Bogojaweński Männerkloster mit dem Segen des Erzbischofs von Wladimir und Susdal, Jewlogij, wiederbelebt. Eine Gemeinschaft von vier Personen wurde gegründet, und der Abt wurde der Mönch Ilja Ivanow, der später durch den Hieromönch Sergij Titow ersetzt wurde. Im September 2007, nach der Versetzung des Hieromönchs Sergij Titow in die Zosimowa Wüste, wurde der Hieromönch Awramij Lukijantschuk zum Abt ernannt und 2008 zum Abt erhoben.