Легенда об основании монастыря изложена в Житии Авраамия Ростовского. Согласно преданию, на этом месте когда-то стоял каменный идол Велеса, которому поклонялись местные жители. Идол был разрушен благодаря апостолу Иоанну Богослову, который явился сюда после молитвы отшельника Авраамия и дал ему жезл, с помощью которого идол был сокрушён. На месте разрушенной языческой святыни отшельник построил храм и основал монастырь. Однако в исторической науке время и обстоятельства основания монастыря остаются спорными. Евгений Голубинский и Арсений Кадлубовский не признают Авраамия основателем обители, впервые упомянутой в Лаврентьевской летописи в 1261 году, и считают его церковным деятелем XIV века. Большинство учёных считает, что первоначальная редакция жития была написана в XV веке.

Жезл Авраамия долгое время находился в монастыре. Перед походом на Казань царь Иоанн Грозный посетил монастырь и взял жезл с собой. После взятия Казани в 1553-1555 годах царь построил в монастыре собор во имя Богоявления Господня. Это один из первых многопрестольных храмов середины XVI века, где программа посвящений выражена в устройстве придельных церквей. В Смутное время монастырь был разграблен поляками. В середине XVII века при архимандрите Ионе были возведены каменные Введенская и надвратная Никольская церкви. В 1914 году на территорию монастыря временно перевели Евфросиниев Полоцкий женский монастырь и Витебское епархиальное училище, а насельники переселились в Спасо-Яковлевский монастырь. После канонизации Димитрия Ростовского в середине XVIII века Спасо-Яковлевский монастырь стал более заметным, а Авраамиев отошёл на второй план, хотя его по-прежнему посещали члены царской семьи, а также Иоанн Кронштадтский и патриарх Тихон.

В 1923 году верующие окрестных слобод организовали в монастыре религиозную общину, первым настоятелем которой стал архимандрит Неофит Коробов. 3 марта 1926 года здания монастыря были переданы Ростовскому музею древностей, но община существовала до 16 июля 1929 года, когда её ликвидировали по постановлению Президиума ВЦИК. После закрытия духовенство, поддерживающее общину, перешло служить в Успенский собор Ростова. В 1930 году началось разрушение стен монастыря. В Богоявленском соборе разместили зерносклад, в Никольской церкви, воинскую часть и жильё, в Введенской, детский сад, затем санаторий и вытрезвитель. К концу XX века все постройки нуждались в срочном ремонте, особенно Богоявленский собор, находившийся в аварийном состоянии.

В 1990-х годах монастырь был возрождён. В 1993 году здесь было учреждено подворье храма Нерукотворного образа Спасителя московского Андроникова монастыря, которое в 1994 году преобразовали в Патриаршее подворье. Обязанности настоятеля исполнял протоиерей Вячеслав Савиных. В 2004 году по благословению Священного синода Русской православной церкви подворье стало Авраамиевым Богоявленским женским монастырём Ярославской епархии. Богоявленский собор остаётся в аварийном состоянии. Реставрационные работы вызывают критику у градозащитников и органов охраны памятников, так как новые элементы не соответствуют историческому облику. В 2015 году при проведении работ обрушились своды паперти. В марте 2016 года Авраамиев монастырь упомянули в цикле передач "Наступление на наследие", посвящённом неудовлетворительному состоянию памятников истории и архитектуры в России.