Пустынь расположена на правом берегу реки Обесты, недалеко от ее впадения в реку Клевень, на живописной равнине. История обители начинается с явления чудотворной иконы Рождества Пресвятой Богородицы в первой половине XVI века. В то время эта территория была частью Крупецкой волости и покрыта густым лесом, где пчеловоды размещали ульи на деревьях. Лес, где появилась икона, назывался "бортным ухожьем".

Чудотворный образ Богоматери был найден пчеловодами на одной из сосен, сияющей чудесным светом. Из-под корня сосны, где была обретена икона, бил источник целебной воды. К месту явления иконы стали приходить множество людей. Один пустынножитель, имя которого неизвестно, поселился рядом с иконой и построил часовню, в строительстве которой участвовали монахи Молченской Печерской пустыни, благодаря чему икона получила название "Пустынно-Глинская". После завершения строительства часовни икону сняли с сосны и поставили в храме. Однако на следующий день она вновь оказалась на сосне. После повторного снятия иконы и ее возвращения на сосну, настоятель приказал срубить дерево. В конце XVI века Фома Милонов с товарищами построил здесь деревянную церковь во имя Рождества Пресвятой Богородицы.

Название "Глинская" имеет два объяснения: одни считают, что оно связано с добычей глины горшечниками, другие, с фамилией князей Глинских, владевших этой местностью. Наиболее вероятно, что название связано с князьями Глинскими, потомками хана Мамая.

Глинская Пустынь тесно связана с Путивльским Молченским монастырем, основанным иноками Молченской Пустыни. В конце XVI века, после набегов татар, началось строительство Путивльского монастыря. В 1605 году, после разорения Молченской пустыни поляками, монахи переселились в Путивль. С начала XVI века и до 1648 года Глинская Пустынь накопила богатый духовный опыт. С 1643 года Путивльские иноки владели угодьями Глинской Пустыни, но долгое время не проводили богослужений. В начале XVIII века обитель укрепила свое материальное положение, владела многими землями и имела богатое хозяйство. В мае 1781 года была освящена двухэтажная каменная церковь.

В храме и его приделах были деревянные, резные и позолоченные иконостасы, украшенные серебряными ризами и венцами. В конце XVIII и начале XIX века соборный храм и колокольня были покрыты черным железом. Глинская Пустынь владела лесами, где водились медведи, волки и другие животные. На пахотных землях сеяли рожь, овес и гречиху. Крестьяне занимались земледелием, женщины пряли и ткали. Рядом с Пустынью был устроен пруд с мельницей, а также пасека для сбора меда и воска. В период с 1764 по 1785 годы иноки благоустроили обитель, построив каменный храм и ограду.

В начале XIX века Глинская Пустынь стала духовной лечебницей, куда направляли провинившихся духовных лиц. Игумен Филарет Данилевский, настоятель с 1817 по 1841 год, преобразил обитель, введя строгий общежительный устав. Он также построил корпуса для мастерских и гостиницы.

В 1860 году часовня Ближнего скита была преобразована в храм, а в 1864 году завершена перестройка соборного храма. В 1874 году был построен больничный корпус для богомольцев и монахов. Глинская Пустынь активно поддерживала народное образование и издавала духовную литературу. В начале XX века обитель принимала до 60 тысяч богомольцев ежегодно, предоставляя им жилье и помощь.

С приходом советской власти обитель была закрыта, а ее имущество разграблено. В 1922 году часть земли и мельница были отобраны, а в сентябре того же года Пустынь закрыли. На ее месте был создан детский городок. В 1942 году обитель вновь открыли, но сохранилось лишь несколько строений. В 1947 году монастырю выделили земельный участок, где начали сеять зерновые и выращивать овощи.

13 июля 1961 года Глинская Пустынь была закрыта, а ее имущество передано в дом-интернат. В 1994 году монастырь возродился, и в 1996 году ему была дана Ставропигия.