Ильинская приходская церковь в Тюмени впервые упоминается в 1586 и 1587 годах. В 1620 году настоятель Никон основал при церкви женскую монашескую общину, которая существовала до 1765, 1767 годов, когда её преобразовали в приходскую Успенскую церковь. За время своего существования обитель несколько раз меняла название: Успенская, Ильинская, Алексеевская.

21 июня 1773 года была освящена однопрестольная приходская церковь во имя Ветхозаветного Пророка Илии. Спустя 60 лет, 3 июня 1833 года, был заложен фундамент нового каменного здания во имя Покрова Пресвятой Богородицы. 24 апреля 1837 года была освящена двухъярусная каменная колокольня с шестью колоколами.

В 1884 году с северной стороны храма построили новый Покровский придел, а старый придел соединили с Ильинским аркой. Строительство финансировалось пароходчиком Иваном Ивановичем Игнатовым и прихожанами. В апреле 1894 и ноябре 1895 годов в храме провели капитальный ремонт, включавший перестройку главного купола и колокольни в русско-византийском стиле, установку нового иконостаса в стиле Ренессанса, обновление каменного пола и роспись стен. 12 ноября 1895 года Пророко-Ильинская церковь была освящена.

25 января 1893 года в приходе открыли церковно-приходскую школу, которая работала до 1918 года, когда её закрыли советские власти.

В июне-сентябре 1925 года тюменцы провели капитальный ремонт храма. Однако 26 января 1930 года Ильинскую церковь закрыли, верхние ярусы колокольни разобрали, кресты и купола сняли.

В 1935 году здание бывшей церкви отдали под ломбард, а с 1942 по 2002 год здесь размещался Тюменский ликёро-водочный завод «Водликёртрест».

13 марта 2002 года Священный Синод удовлетворил просьбу архиепископа Тобольского и Тюменского Димитрия Капалина об открытии Ильинского женского монастыря в Тюмени.

В 2003 году церковь вернули верующим для организации женского монастыря, приход был создан 20 января 2003 года. В том же году в июле-августе отремонтировали храм «Богородично-Рождественского придела», а первое богослужение прошло 20, 21 сентября 2003 года.

4 мая 2017 года монастырь был переименован из Ильинского в Богородице-Рождественский.

В монастыре создано негосударственное образовательное учреждение Детский дом «Пансион „Отрада“», которое служит приютом для сирот, богадельней для престарелых женщин и швейной мастерской для обучения молодёжи.

Настоятельницей монастыря является монахиня Нина Схулухия.