Die Ilyinsker Pfarrkirche in Tyumen wird erstmals 1586 und 1587 erwähnt. Im Jahr 1620 gründete der Abt Nikon eine weibliche Mönchsgemeinschaft an der Kirche, die bis 1765, 1767 bestand, als sie in die Pfarrkirche der Himmelfahrt umgewandelt wurde. Im Laufe ihrer Existenz änderte das Kloster mehrmals seinen Namen: Himmelfahrt, Ilyinskaja, Alexejewskaja.

Am 21. Juni 1773 wurde die einschiffige Pfarrkirche im Namen des alttestamentlichen Propheten Elias geweiht. Nach 60 Jahren, am 3. Juni 1833, wurde das Fundament eines neuen steinernen Gebäudes im Namen des Schutzes der Heiligen Gottesmutter gelegt. Am 24. April 1837 wurde der zweigeschossige Glockenturm mit sechs Glocken geweiht.

Im Jahr 1884 wurde auf der Nordseite der Kirche eine neue Kapelle zum Schutz der Gottesmutter erbaut, und die alte Kapelle wurde durch einen Bogen mit der Ilyinskaja verbunden. Der Bau wurde von dem Dampfschiffbetreiber Ivan Ivanovich Ignatov und den Gemeindemitgliedern finanziert. Im April 1894 und November 1895 wurde in der Kirche eine umfassende Renovierung durchgeführt, die den Umbau der Hauptkuppel und des Glockenturms im russisch-byzantinischen Stil, die Installation eines neuen Ikonostase im Renaissance-Stil, die Erneuerung des Steinbodens und die Wandmalerei umfasste. Am 12. November 1895 wurde die Propheten-Ilyinsker Kirche geweiht.

Am 25. Januar 1893 wurde in der Gemeinde eine kirchliche Schule eröffnet, die bis 1918 bestand, als sie von den sowjetischen Behörden geschlossen wurde.

Von Juni bis September 1925 führten die Tyumener eine umfassende Renovierung der Kirche durch. Am 26. Januar 1930 wurde die Ilyinsker Kirche jedoch geschlossen, die oberen Etagen des Glockenturms wurden abgerissen, Kreuze und Kuppeln entfernt.

Im Jahr 1935 wurde das Gebäude der ehemaligen Kirche als Pfandleihe genutzt, und von 1942 bis 2002 befand sich hier die Tyumener Likörfabrik „Vodlikörtrest“.

Am 13. März 2002 genehmigte der Heilige Synod das Gesuch des Erzbischofs von Tobolsk und Tyumen, Dmitri Kapalin, zur Eröffnung des Ilyinsker Frauenklosters in Tyumen.

Im Jahr 2003 wurde die Kirche den Gläubigen zurückgegeben, um ein Frauenkloster zu organisieren, die Gemeinde wurde am 20. Januar 2003 gegründet. Im selben Jahr wurden im Juli-August die Kirche „Muttergottes-Geburt Kapelle“ renoviert, und der erste Gottesdienst fand am 20., 21. September 2003 statt.

Am 4. Mai 2017 wurde das Kloster von Ilyinsker in Muttergottes-Geburt umbenannt.

Im Kloster wurde eine nichtstaatliche Bildungseinrichtung, das Kinderheim „Pension ‚Otrada‘“, gegründet, das als Zufluchtsort für Waisenkinder, als Altenheim für ältere Frauen und als Nähwerkstatt zur Ausbildung von Jugendlichen dient.

Die Äbtissin des Klosters ist die Nonne Nina Skhulukhia.