La iglesia parroquial de Ilyinskaya en Tyumen se menciona por primera vez en 1586 y 1587. En 1620, el abad Nikon fundó una comunidad monástica femenina junto a la iglesia, que existió hasta 1765 y 1767, cuando fue transformada en la iglesia parroquial de la Asunción. A lo largo de su existencia, el monasterio cambió de nombre varias veces: Asunción, Ilyinskaya, Alexeyevskaya.

El 21 de junio de 1773 se consagró la iglesia parroquial de una sola nave en honor al Profeta Elías del Antiguo Testamento. Después de 60 años, el 3 de junio de 1833, se colocó la piedra fundamental de un nuevo edificio de piedra en honor a la Protección de la Santísima Virgen. El 24 de abril de 1837 se consagró el campanario de piedra de dos niveles con seis campanas.

En 1884, se construyó un nuevo altar de la Protección en el lado norte de la iglesia, y el antiguo altar se conectó con el de Ilyinskaya mediante un arco. La construcción fue financiada por el armador Ivan Ivanovich Ignatov y los feligreses. En abril de 1894 y noviembre de 1895, se realizó una renovación capital en la iglesia, que incluyó la reconstrucción de la cúpula principal y el campanario en estilo ruso-bizantino, la instalación de un nuevo iconostasio en estilo renacentista, la renovación del suelo de piedra y la pintura de las paredes. El 12 de noviembre de 1895, se consagró la iglesia de Prokhor-Ilyinskaya.

El 25 de enero de 1893, se abrió una escuela parroquial en la comunidad, que funcionó hasta 1918, cuando fue cerrada por las autoridades soviéticas.

De junio a septiembre de 1925, los habitantes de Tyumen realizaron una renovación capital de la iglesia. Sin embargo, el 26 de enero de 1930, se cerró la iglesia de Ilyinskaya, se desmantelaron los niveles superiores del campanario y se retiraron las cruces y cúpulas.

En 1935, el edificio de la antigua iglesia se convirtió en un monte de piedad, y de 1942 a 2002, aquí funcionó la fábrica de licores de Tyumen "Vodlikyotrrest".

El 13 de marzo de 2002, el Santo Sínodo satisfizo la solicitud del arzobispo de Tobolsk y Tyumen, Dimitri Kapalin, para abrir el monasterio femenino de Ilyinskaya en Tyumen.

En 2003, la iglesia fue devuelta a los creyentes para la organización del monasterio femenino, y la comunidad fue creada el 20 de enero de 2003. En el mismo año, de julio a agosto, se renovó la iglesia del "Altar de la Natividad de la Virgen", y el primer servicio religioso se llevó a cabo el 20 y 21 de septiembre de 2003.

El 4 de mayo de 2017, el monasterio fue renombrado de Ilyinskaya a Natividad de la Virgen.

En el monasterio se ha creado una institución educativa no estatal, el hogar infantil "Pensión 'Otrada'", que sirve como refugio para huérfanos, asilo para mujeres ancianas y taller de costura para la formación de jóvenes.

La abadesa del monasterio es la monja Nina Skhulukhia.